Roche cobas s 201 system Používateľská príručka
- Typ
- Používateľská príručka
02/2008, verze 1.0 2.1
Pipetování 2
Koncepce práce s dávkami
Systém cobas s 201 je určen pro zpracování vzorků v dávkách. Dávka je
soubor vzorků a kontrol, které se pipetují, extrahují, amplifikují a detekují
společně podle pravidel ve specifikaci k příslušnému testu.
Dávku tvoří všechny vzorky a kontroly v jednom stojanu SK24.
Dávka se sleduje od tvorby směsi až k vyhodnocení výsledků pomocí ID
stojanu SK24 a jednoznačného ID dávky přiřazeného během pipetování.
Vzorky a kontroly v dávce se sledují pomocí propojení jejich snímaného
ID čárového kódu s jednoznačnými klipy s čárovým kódem, které drží
S-zkumavky (během tvorby směsi a přípravy vzorku) a K-zkumavky
(během amplifikace a detekce).
Obrázek 2.1
Dávka
ID stojanu SK24
Jednoznačný klip
s čárovým kódem S-zkumavky
2.2 02/2008, verze 1.0
Externí kontroly vyrobené společností Roche
(RMEC)
Každá dávka vyžaduje externí kontroly vyrobené společností Roche
(RMEC). Počet požadovaných RMEC závisí na testu.
Test MPX zahrnuje pět analytů. Pro každou dávku se musí pipetovat pět
pozitivních RMEC a jedna negativní RMEC. Během pipetování se
alikvotní podíl negativní kontroly přenese do S-zkumavky na pozici 19
každého stojanu SK24. Poté se alikvotní podíly každé pozitivní kontroly
přenesou do S-zkumavek na pozice 20 až 24 každého stojanu SK24
(obr. 2.2).
K pipetování RMEC dochází vždy před pipetováním vzorků. Díky
tomu může operátor ještě před začátkem pipetování vzorků opravit
veškeré chyby při pipetování kontrol.
RMEC se vkládají do posledních pozic každého stojanu SK24, takže
celý proces testování, od extrakce až po amplifikaci a detekci, je
monitorován pomocí kontrolních vzorků.
Obrázek 2.2
RMEC testu MPX ve stojanu SK24
Negativní kontrola
Pozitivní kontroly
Pipetování
02/2008, verze 1.0 2.3
Externí kontroly definované uživatelem
(UDEC)
Systém cobas s 201 umožňuje až pět externích kontrol definovaných
uživatelem (UDEC), které lze přiřadit ke každému testu. Požadavky na
UDEC, včetně názvu kontroly, vzoru čárového kódu, čísla šarže, data
použitelnosti a pozice UDEC ve stojanu SK24 specifikuje správce
laboratoře.
Když jsou UDEC přiřazeny k určitému testu, může operátor určit, zda je
zařadí do běhu pipetování.
Jestliže je zařadí, UDEC se vždy pipetují v prvním stojanu SK24.
UDEC jsou označené na obrazovkách a ve zprávách Roche PDM Pooling
Manager a Roche PDM Data Manager.
2.4 02/2008, verze 1.0
Plotny s hlubokými jamkami
Při pipetování primárních směsí s velkým počtem vzorků se používají
stejné plotny s hlubokými jamkami jako archivní plotny i jako přechodné
plotny (obr. 2.3).
Každá plotna s hlubokými jamkami má štítek s jednoznačným
čárovým kódem.
Archivní plotna
Archivní plotnu lze připravit během primární tvorby směsí a slouží
k uložení alikvotního podílu z každé zkumavky se vzorkem dárce
v případě, že je nutné provést sekundární tvorbu směsí.
Jestliže archivní plotna není připravená nebo jestliže určitá jamka
na archivní plotně není použitelná, lze sekundární tvorbu směsí
provést přímo ze zkumavek se vzorky dárců.
Použití archivní plotny je možnost, která se konfiguruje během
instalace.
Pozice jamky, kterou má vzorek na archivní plotně, závisí na počtu
vzorků v běhu a typu prováděné tvorby směsí.
Přechodná plotna
Přechodná plotna je nutná při pipetování primárních směsí s velkým
počtem vzorků. Přechodná plotna pojme dočasné směsi s 12 vzorky, které
se poté spojí v primární směs s velkým počtem vzorků.
Podrobnosti o pipetování primárních směsí s velkým počtem
vzorků jsou v následujícím oddílu.
Obrázek 2.3
Archivní plotna a přechodná plotna
Pipetování
02/2008, verze 1.0 2.5
Primární směsi
Primární směs
s velkým počtem vzorků
je směs s více vzorky (
n
=
24
,
48
nebo
96
vzorků dárců), která je připravená pro počáteční testování vzorku.
Pipetování primárních směsí s velkým počtem vzorků je proces o dvou
krocích, který se skládá z 1) běhu plotny a 2) běhu dávky. Pro každý běh
se provádí samostatné pipetování.
Běh plotny
Při běhu plotny se alikvotní podíly ze skupin vzorků dárců přenesou do
jamek přechodné plotny a vytvoří dočasné směsi o 12
vzorcích
.
Počet vložených vzorků dárců musí být násobkem konečného počtu
vzorků ve směsi (24, 48 nebo 96). Maximální množství vzorků dárců,
které lze napipetovat, závisí na použitém pipetoru:
• Při použití pipetoru Hamilton Microlab STAR IVD lze napipetovat
až 864 vzorků dárců.
• Při použití pipetoru Hamilton Microlab STARlet IVD lze
napipetovat až 384 vzorků dárců.
Pipetování běhu plotny se směsí s 96 vzorky je popsáno níže. Pipetování
běhu plotny se směsí s 24 nebo 48 vzorky je analogické.
• 1 ml každého vzorku dárce se odsaje z první skupiny zkumavek se
vzorky dárců a napipetuje se do jamek na archivní plotně. Postup se
poté opakuje a nasaje se dalších 700 µl alikvotních podílů ze stejných
zkumavek se vzorkem dárce. Celkový přenesený objem vzorků dárce
do příslušných jamek na archivní plotně bude 1,7 ml (obr. 2.4).
• Nasaje se 135 µl z jamek archivní plotny a napipetuje se do prvního
sloupce jamek přechodné plotny (slouží k uchování dočasných
směsí) (obr. 2.4).
Jestliže archivní plotna není připravená, alikvotní podíly o objemu
135 µl se napipetují ze zkumavek se vzorkem dárce přímo na
přechodnou plotnu.
Obrázek 2.4
Pipetování první skupiny vzorků dárců při běhu plotny
(Příklad běhu plotny pro primární směs s 96 vzorky)
Archivní plotna
Přechodná plotna
Nosič zkumavek se vzorky dárců
1 ml +700 µl
135 µl
Pozice 1
Pozice 32
s 32 pozicemi
2.6 02/2008, verze 1.0
• Postup se poté opakuje s další skupinou vzorků dárců. 1,7 ml
každého vzorku dárce ve skupině se přenese do následujících
dostupných jamek na archivní plotně a 135 µl se poté z těchto
jamek na archivní plotně nasaje a napipetuje do stejného sloupce
jamek přechodné plotny jako první skupina vzorků dárců
(obr. 2.5).
• Postup se opakuje, až se všechny vzorky dárců, které jsou v první
primární směsi s velkým počtem vzorků, napipetují a jamky
v prvním sloupci přechodné plotny obsahují alikvotní podíly
dvanácti vzorků dárců.
• Celý postup se poté opakuje a vytvoří se dočasné směsi pro každou
další primární směs s velkým počtem vzorků s použitím dalších
jamek na přechodné plotně pro další dočasné směsi.
Na konci běhu plotny obsahuje každá archivní plotna 1,565 ml alikvotních
podílů z každé zkumavky se vzorky dárce a každá použitá jamka
přechodné plotny obsahuje 135 µl smísených alikvotních podílů ze
dvanácti zkumavek se vzorky dárců.
Obrázek 2.5
Pipetování další skupiny vzorků dárců při běhu plotny
(Příklad běhu plotny pro primární směs s 96 vzorky)
Archivní plotna
Přechodná plotna
Nosič zkumavek se vzorky
1 ml +700 µl
135 µl
Pozice 1
Pozice 32
dárců s 32 pozicemi
Pipetování
02/2008, verze 1.0 2.7
Běh dávky
Při běhu dávky se z jamek přechodné plotny pipetují alikvotní podíly do
S-zkumavek a tak se vytvoří primární směsi s velkým počtem vzorků
(obr. 2.6):
•Pro primární směs o 24 vzorcích se do jedné S-zkumavky
napipetují 500 µl alikvotní podíly ze dvou jamek.
•Pro primární směs o 48 vzorcích se do jedné S-zkumavky
napipetují 250 µl alikvotní podíly ze čtyř jamek.
•Pro primární směs o 96 vzorcích se do jedné S-zkumavky
napipetují 125 µl alikvotní podíly z osmi jamek.
Je možné vložit přechodné plotny z více než jednoho běhu plotny.
Maximální množství přechodných ploten, které lze napipetovat, závisí na
použitém pipetoru:
• Při použití pipetoru Hamilton Microlab STAR IVD lze napipetovat
až 5 přechodných ploten.
• Při použití pipetoru Hamilton Microlab STARlet IVD lze
napipetovat až 4 přechodné plotny.
Obrázek 2.6
Pipetování dvou směsí o 96 vzorcích při běhu dávky
Přechodná plotna
125 µl
2.8 02/2008, verze 1.0
Opakovaný běh dávky
Opakovaný běh dávky
vytváří další primární směs s velkým počtem
vzorků, která nahradí směs s
neplatnými výsledky testu
.
Opakovaný běh
dávky používá přechodnou plotnu, která byla vytvořena během prvního
kroku (běh plotny) původního běhu primární tvorby směsi.
Opakovaný běh dávky musí být napipetován z přechodné plotny.
Jestliže není k dispozici jamka přechodné plotny, vzorky budou
naplánovány pro tvorbu směsí pro rozlišení.
Při opakovaném běhu dávky vložte pouze jednu přechodnou
plotnu.
Při opakovaném běhu dávky se alikvotní podíly ze stejných jamek
přechodné plotny, které sloužily k vytvoření původní primární směsi
s velkým počtem vzorků (obr. 2.6) pipetují do S-zkumavek a tak se
vytvoří náhradní primární směs (obr. 2.7).
Obrázek 2.7
Opakovaný běh dávky pro primární směs se 48 vzorky
Přechodná plotna
250 µl
Pipetování
02/2008, verze 1.0 2.9
2D tvorba směsí
2D tvorba směsi (dvourozměrná tvorba směsi) se používá k opětovnému
testování vzorků z reaktivních směsí s velkým počtem vzorků. Při 2D
tvorbě směsí se každý vzorek napipetuje do dvou různých směsí s takovým
rozdělením vzorků (obr. 2.8), které umožní určení nereaktivních vzorků
(nereaktivního vzorku) po jednom běhu.
Při běhu 2D tvorby směsi lze zpracovat vzorky z jedné primární
směsi.
Počet směsí ve 2D matrixu, které se vytvoří, závisí na velikosti reaktivní
primární směsi s velkým počtem vzorků:
Obrázek 2.8
Rozdělení vzorků ve 2D směsích
(Příklad 2D tvorby směsi pro primární směs se 48 vzorky)
Archivní plotna
Primární směs 2
Primární směs 1
Směsi se šesti vzorky
Pozice S-zkumavek 1-8
Směsi s osmi vzorky
Pozice S-zkumavek 9-14
Počet
vzorků ve
směsi
Počet 2D směsí Alikvotní podíl každého
vzorku
24 4 směsi o 6 vzorcích
6 směsí o 4 vzorcích
167 µl
250 µl
48 8 směsí o 6 vzorcích
6 směsí o 8 vzorcích
167 µl
125 µl
96 Dvě dávky, každá z nich
obsahuje:
8 směsí o 6 vzorcích
6 směsí o 8 vzorcích
167 µl
125 µl
2.10 02/2008, verze 1.0
Pipetování běhu 2D tvorby směsí pro směs se 48 vzorky je popsáno níže.
Pipetování běhu 2D tvorby směsí pro směsi s 24 nebo 96 vzorky je
podobné.
Jestliže se archivní plotna nepoužívá, jestliže je jamka archivní
plotny neplatná nebo jestliže jamka archivní plotny neobsahuje
dostatečný objem kapaliny, je možné alikvotní podíly pipetovat ze
zkumavek se vzorky dárců.
• Ze čtyř jamek v prvním sloupci na archivní plotně se nasají
alikvotní podíly vzorků dárců o objemu 167 µl a napipetují se do
čtyř S-zkumavek, počínaje pozicí 1 na stojanu SK24 (obr. 2.9).
• Ze stejných čtyř jamek na archivní plotně se nasají alikvotní podíly
vzorků dárců o objemu 125 µl a napipetují se do jedné S-zkumavky
na pozici 9 na stojanu SK24.
• Ze čtyř jamek v dalším sloupci se nasají alikvotní podíly vzorků
dárců o objemu 167 µl vzorků dárců a napipetují se do čtyř
S-zkumavek, počínaje pozicí 5 na stojanu SK24.
• Ze stejných čtyř jamek na archivní plotně se nasají alikvotní podíly
vzorků dárců o objemu 125 µl a napipetují se do jedné S-zkumavky
na pozici 9 na stojanu SK24.
V tomto okamžiku S-zkumavky na pozicích 1 až 8 stojanu SK24
obsahují alikvotní podíl jednoho vzorku dárce a S-zkumavka na
pozici 9 obsahuje alikvotní podíl osmi vzorků dárců (obr. 2.9).
Obrázek 2.9
Pipetování prvních osmi jamek
(Příklad 2D tvorby směsi pro primární směs se 48 vzorky)
Archivní plotna
Pozice 9
167 µl
125 µl
Pipetování
02/2008, verze 1.0 2.11
• Postup se poté opakuje i pro dalších osm jamek na archivní plotně.
Alikvotní podíly vzorků dárců o objemu 167 µl se znovu napipetují
do S-zkumavek na pozicích 1 až 8 stojanu SK24 a alikvotní podíly
o objemu 125 µl se napipetují do jedné S-zkumavky na pozici
10 stojanu SK24 (obr. 2.10).
• Postup se opakuje, až jsou všechny vzorky dárců napipetovány.
Po dokončení běhu každá S-zkumavka na pozicích 1 až 8 stojanu
SK24 obsahuje alikvotní podíly šesti vzorků dárců a každá
S-zkumavka na pozicích 9 až 14 obsahuje alikvotní podíly osmi
vzorků dárců.
Obrázek 2.10
Pipetování dalších osmi jamek
(Příklad 2D tvorby směsi pro primární směs se 48 vzorky)
Archivní plotna
Stojan SK24
167 µl
125 µl
2.12 02/2008, verze 1.0
Tvorba směsí pro ověření
Tvorba směsí pro ověření se používá k opětovnému testování vzorků
z reaktivní primární směsi s velkým počtem vzorků tehdy, když existuje
další důkaz (např. pozitivní sérologický test), který nasvědčuje tomu, že
jeden nebo více vzorků v primární směsi jsou reaktivní.
Tvorba směsí pro ověření se používá i k opětovnému testování
krátkých směsí.
Vzorky, u kterých je podezření na reaktivitu, se pipetují do individuálních
směsí. Zbývající vzorky se smísí do směsí s více vzorky (obr. 2.11).
Při běhu tvorby směsi pro ověření lze zpracovat vzorky z jedné
primární směsi.
Ve směsích o jednom vzorku lze pro pipetování zvolit až čtyři
vzorky z primární směsi o 48 nebo 96 vzorcích. Ve směsích
o jednom vzorku lze pro pipetování zvolit až dva vzorky z primární
směsi o 24 vzorcích.
Směsi s více vzorky se připravují jako směsi o 12, 11, 6 nebo 4 vzorcích
v závislosti na: 1) počtu vzorků v primární směsi a 2) počtu vzorků dárců
vybraných pro individuální testování. Objem vzorku, který je aspirován
pro každou směs s více vzorky, je uveden níže:
Obrázek 2.11
Rozdělení vzorků ve směsích pro ověření
(Příklad tvorby směsi pro ověření pro primární směs se 48 vzorky)
Archivní plotna
Primární směs 2
Primární směs 1
Směsi s více vzorky
Pozice S-zkumavek 1-4
Směsi o jednom vzorku
Pozice S-zkumavek 5-8
Pipetování
02/2008, verze 1.0 2.13
Pipetování při tvorbě směsí pro ověření je souhrnně popsáno níže:
Jestliže se archivní plotna nepoužívá, jestliže je jamka archivní
plotny neplatná nebo jestliže jamka archivní plotny neobsahuje
dostatečný objem kapaliny, je možné alikvotní podíly pipetovat ze
zkumavek se vzorky dárců.
• Alikvotní podíly (92 µl, 167 µl nebo 250 µl) vzorků dárců se nasají
z jamek v první skupině předpokládaných nereaktivních jamek
archivní plotny. Každý nasátý vzorek se napipetuje se do
S-zkumavky, počínaje pozicí 1 stojanu SK24.
• Postup se opakuje a přeskakují se jamky (nebo zkumavky dárců) se
vzorky dárců, u kterých je podezření na reaktivitu (obr. 2.12).
Počet vzorků ve směsi
s více vzorky
Alikvotní podíl každého vzorku
12 vzorků 92 µl
11 vzorků 92 µl
6 vzorků 167 µl
4 vzorky 250 µl
Obrázek 2.12
Pipetování směsí pro ověření, u kterých se předpokládá nereaktivita
(Příklad tvorby směsi pro ověření pro primární směs se 48 vzorky)
Archivní plotna
Stojan SK24
92 µl
2.14 02/2008, verze 1.0
• Po napipetování všech alikvotních podílů vzorků dárců, u kterých
se předpokládá nereaktivita, se nasají z jamek (nebo zkumavek se
vzorky dárců) 1 ml alikvotní podíly vzorků dárců, u kterých se
předpokládá reaktivita a napipetují se do jednotlivých S-zkumavek
(obr. 2.13).
Obrázek 2.13
Pipetování jednotlivých směsí, u kterých se předpokládá reaktivita
(Příklad tvorby směsi pro ověření pro primární směs se 48 vzorky)
Archivní plotna
Stojan SK24
1 ml
Pipetování
02/2008, verze 1.0 2.15
Tvorba směsí pro rozlišení
Směs pro rozlišení je směs s jedním vzorkem, která je vytvořena pro
vzorky, které: 1) mají chyby při pipetování při běhu primární tvorby směsi
nebo 2) jsou obsaženy v reaktivní směsi pro ověření nebo reaktivní 2D
směsi. Směs pro rozlišení se připraví pipetováním alikvotního podílu
z jamky archivní plotny do vlastní S zkumavky.
Správce laboratoře může použít tvorbu směsí pro rozlišení
k vyřešení neplatných výsledků.
Jestliže archivní plotna není k dispozici nebo jamka archivní plotny
pro daný vzorek dárce není použitelná, lze vzorek nasát ze
zkumavky se vzorkem dárce.
Při běhu tvorby směsi pro rozlišení lze zpracovat až 36 vzorků.
Během tvorby směsi pro rozlišení se 1 ml vzorku nasaje z jamky na
archivní plotně a napipetuje se do jedné S-zkumavky.
Obrázek 2.14
Pipetování směsí pro rozlišení
Archivní plotna
Stojan SK24
1 ml
Jamky vybrané pro
tvorbu směsi pro rozlišení
2.16 02/2008, verze 1.0
Tato stránka byla záměrně ponechána prázdná.
-
1
-
2
-
3
-
4
-
5
-
6
-
7
-
8
-
9
-
10
-
11
-
12
-
13
-
14
-
15
-
16
Roche cobas s 201 system Používateľská príručka
- Typ
- Používateľská príručka
Súvisiace články
-
Roche cobas s 201 system Používateľská príručka
-
-
-
-
-
-
-
-