Roche cobas s 201 system Používateľská príručka
- Typ
- Používateľská príručka
02/2008, verze 1.0 1.1
Algoritmy pro
vytváření směsí
(pooling) 1
Přehled
Systém cobas s 201 lze nastavit tak, aby vytvářel směsi s velkým počtem
vzorků. Směsi s velkým počtem vzorků obsahují stejné alikvotní podíly n
vzorků dárců.
n je buď 24, 48 nebo 96.
Směsi s velkým počtem vzorků se používají pouze pro testy MPX.
Primární tvorba směsi
Primární tvorba směsi pro směsi s velkým počtem vzorků má dva kroky:
1 Běh plotny - směs n (MPX): V jamkách přechodné plotny se vytvoří
dočasné směsi, každá obsahuje alikvotní podíly 12 vzorků dárců.
V implicitní konfiguraci připravuje systém cobas s 201 také archivní
plotnu, která slouží k uložení alikvotního podílu z každé zkumavky se
vzorkem dárce pro případ, že je nutný další test.
2 Běh dávky - směs n (MPX): Napipetují se kontroly a poté se stejné
alikvotní podíly z jamek přechodné plotny přenesou do S-zkumavek
a vytvoří se směsi s 24 (dvě jamky), 48 (čtyři jamky) nebo 96 (osm jamek)
vzorky.
1.2 02/2008, verze 1.0
Sekundární tvorba směsi
Následné (sekundární) testování je nutné v případě, že výsledky testu
primární směsi s velkým počtem vzorků jsou neplatné nebo reaktivní.
K dispozici jsou tyto možnosti pro sekundární vytváření směsi:
• Opakovaný běh dávky - směs n (MPX): Opakuje se krok 2 běhu
primární tvorby směsi a slouží k opakování testů vzorků dárců ze
směsí s neplatnými výsledky testů.
• Dvourozměrná (2D) tvorba směsí (MPX): Vytvoří se matrix
směsí vzorků dárců, kde se každý vzorek dárce napipetuje do
jednoznačné sady dvou samostatných směsí, aby v případě, že tyto
dvě směsi budou reaktivní, bylo možné výsledky přiřadit
k určitému vzorku dárce.
• Tvorba směsí pro ověření (MPX): Aby bylo možné potvrdit
podezření na reaktivitu vzorků dárců, vytvoří se směs s jediným
vzorkem a zbývající vzorky se smísí ve směsích o čtyřech, šesti,
jedenácti nebo dvanácti vzorcích, aby bylo možné potvrdit
nereaktivní výsledky testu.
• Tvorba směsí pro rozlišení (MPX): Směsi o jednom vzorku slouží
k individuálnímu testu vzorků ze směsí s neplatným výsledkem
nebo reaktivních směsí.
Algoritmy pro vytváření směsí (pooling)
02/2008, verze 1.0 1.3
Diagram pracovního postupu
Implicitní pracovní postup při testování směsí s velkým počtem vzorků je
na obrázku 1.1.
O cestách na obrázku 1.1 rozhoduje systém. Správce laboratoře se může
rozhodnout změnit implicitní diagram pracovního postupu
a k opětovnému testu vzorků z reaktivních nebo neplatných směsí
zvolit tvorbu směsí pro rozlišení (viz Změna požadavku na tvorbu směsi
v Referenční příručce k hardwaru a softwaru pro systém cobas s 201).
Obrázek 1.1
Diagram pracovního postupu pro směsi s velkým počtem vzorků
Error
Nereaktivní
Reaktivní
OK
Výsledek
Stav
pipetování
Ne
Ano
Primární směsi
s 24, 48 nebo
96 vzorky
(Běh dávky)
Opakovaný
běh dávky
Complete,
Non-Reactive
OK
Aspirováno
Error
Stav
pipetování
Neplatný
Primární směsi
s 24, 48 nebo
96 vzorky
(Běh plotny)
Krátká
směs
Tvorba směsí
pro ověření
Ne
Neplatný
Complete,
Non-Reactive
Nereaktivní
Výsledek
Complete,
Non-Reactive
Complete,
Reactive
Reaktivní
Počet
vzorků ve
směsi
Shodný 1
Ano
Vyřaďte dárce
s externím
pozitivním
testem
Více než 1
Tvorba směsí
pro rozlišení
Nereaktivní
Neplatný
Complete,
Non-Reactive
Complete,
Reactive
Reaktivní
Výsledek
Jiný
2D tvorba
směsí
Nereaktivní
Neplatná dávka
2D matrix
Vyhodnocení
1.4 02/2008, verze 1.0
Běh plotny
Prvním krokem v primární tvorbě směsi je běh plotny. Vzorky, které jsou
úspěšně při běhu plotny napipetovány do přechodné plotny, se naplánují
pro běh dávky, tj. druhý krok v primární tvorbě směsi.
Vzorky, u kterých při pipetování došlo k chybě, se naplánují pro tvorbu
směsí pro rozlišení (obr. 1.19) v případě, že byly úspěšně aspirovány.
V opačném případě se zařadí do dalšího běhu plotny (obr. 1.2).
Obrázek 1.2
Běh plotny
Tvorba směsí
pro rozlišení
Primární směsi
s 24, 48 nebo 96
vzorky
(Běh plotny)
Primární směsi
s 24, 48 nebo
96 vzorky
(Běh dávky)
Ne
Ano
Aspirováno
Error
OK
Stav
pipetování
Algoritmy pro vytváření směsí (pooling)
02/2008, verze 1.0 1.5
Běh dávky
Druhým krokem v primární tvorbě směsi je běh dávky. Vzorky, které se
během běhu dávky úspěšně napipetují do směsi s velkým počtem vzorků,
se testují na přítomnost sledovaného analytu (obr. 1.3).
• Všechny vzorky dárců ve směsi se vyhodnotí jako nereaktivní
vpřípadě, že je směs nereaktivní.
• Jestliže je směs reaktivní a obsahuje očekávaných 96, 48 nebo 24
vzorků, pro vzorky dárců ve směsi se naplánuje 2D tvorba směsí
(viz str. 1.4).
• Je-li směs reaktivní, ale obsahuje méně než plánovaných 96, 48
nebo 24 vzorků (což je způsobeno chybami při pipetování), pak se
vzorky dárců v krátké směsi naplánují pro tvorbu směsí pro ověření
(obr. 1.18).
• Další běh dávky (opakovaný běh dávky) je naplánován v případě, že
výsledek testu je neplatný.
Vzorky s chybami při pipetování se naplánují pro tvorbu směsí pro
rozlišení.
Obrázek 1.3
Běh dávky
Tvorba směsí
pro rozlišení
Error
Nereaktivní
Reaktivní
OK
Neplatný
Výsledek
Stav
pipetování
Krátká
směs
Ne
Ano
Primární směsi
s 24, 48 nebo
96 vzorky
(Běh dávky)
2D tvorba
směsí
Opakovaný
běh dávky
Tvorba směsí
pro ověření
Complete,
Non-Reactive
1.6 02/2008, verze 1.0
2D tvorba směsi
2D tvorba směsí je naplánována v případě, že výsledek testu primární
směsi nebo opakovaná dávka směsi jsou reaktivní a směs obsahuje plný
počet vzorků dárců (24, 48 nebo 96).
Správce laboratoře může také při opětovném testování vzorků
z neplatné primární směsi zvolit provedení 2D tvorby směsí
namísto provedení opakovaného běhu dávky.
2D tvorba směsí vytvoří matrix směsí vzorků dárců, kde každý vzorek
dárce z původní směsi je napipetován do jednoznačné sady dvou
samostatných směsí. Vyhodnocení výsledků těchto dvou směsí určí, zda je
vzorek dárce nereaktivní, nebo zdali je nutná tvorba směsí pro rozlišení
(obr. 1.4).
Počet směsí v 2D matrixu závisí na počtu vzorků v počáteční primární
směsi:
Obrázek 1.4
2D tvorba směsi
2D tvorba směsí
Neplatná dávka
2D matrix
Vyhodnocení
Tvorba směsí
pro rozlišení
Complete,
Non-Reactive
Nereaktivní
Jiný
Počet vzorků
v primární směsi
Počet 2D směsí MxN
24 4 směsi o 6 vzorcích
6 směsí o 4 vzorcích
4x6
48 8 směsí o 6 vzorcích
6 směsí o 8 vzorcích
8x6
96 Dvě dávky, každá z nich
obsahuje:
8 směsí o 6 vzorcích
6 směsí o 8 vzorcích
8x6
(dva matrixy)
Algoritmy pro vytváření směsí (pooling)
02/2008, verze 1.0 1.7
Vyhodnocení 2D matrixu
Vyhodnocení 2D matrixu tvorby směsí MxN je založeno na prozkoumání
vodorovných výsledků směsi, P
H
(M), svislých výsledků směsi P
V
(N)
a interpretaci výsledků v průniku, (R
h,
R
v
).
Diagramy na následujícíh stranách zobrazují různé scénáře 2D matrixu
tvorby směsí. Kolečka (zobrazené vedle matrixu) obsahují výsledky testu
směsi (S-zkumavka). Čtverce (zobrazeny uvnitř matrixu) jsou výsledky
vzorků jednotlivých dárců, které jsou interpretovány na základě výsledků
testu těch dvou směsí, ve kterých byl testován vzorek dárce.
U všech příkladů se používá matrix 6x4.
Obrázek 1.5
Přehled vyhodnocení 2D tvorby směsí
Vodorovný výsledek
Svislý výsledek
Průnik reprezentuje jeden vzorek dárce
1.8 02/2008, verze 1.0
Příklad 1
Všechny 2D směsi jsou nereaktivní (-). Všechny průniky (-,-) se
interpretují jako nereaktivní. Všechny vzroky dárců jsou vyhodnoceny
jako Complete, Non-Reactive (obr. 1.6).
Příklad 2
Jedna vodorovná a jedna svislá 2D směs je reaktivní (+). Všechny ostatní
2D směsi jsou nereaktivní (-). Vzorek dárce v průniku reaktivních směsí
(+,+) je naplánován pro tvorbu směsí pro rozlišení. Všechny ostatní
průniky [(-,-), (+,-), (-,+)] jsou interpretovány jako nereaktivní a tyto
vzorky dárců jsou označeny jako Complete, Non-Reactive (obr. 1.7).
Obrázek 1.6
Příklad 2D matrixu 1
Obrázek 1.7
Příklad 2D matrixu 2
Naplánováno pro tvorbu směsí
pro rozlišení
Algoritmy pro vytváření směsí (pooling)
02/2008, verze 1.0 1.9
Příklad 3
Jedna vodorovná a jedna svislá 2D směs je neplatná (I). Všechny ostatní
2D směsi jsou nereaktivní (-). Vzorek dárce v průniku neplatných směsí
(I,I) je naplánován pro tvorbu směsí pro rozlišení. Všechny ostatní
průniky [(-,-), (I,-), (-,I)] jsou interpretovány jako nereaktivní a tyto
vzorky dárců jsou označeny jako Complete, Non-Reactive (obr. 1.8).
Příklad 4
Jedna vodorovná 2D směs je reaktivní (+) a jedna svislá 2D směs je neplatná
(I) (nebo naopak). Všechny ostatní 2D směsi jsou nereaktivní (-). Vzorek
dárce v průniku reaktivní směsi a neplatné směsi [(+,I) nebo (I,+)] je
naplánován pro tvorbu směsí pro rozlišení. Všechny ostatní průniky [(-,-),
(+,-), (-,+), (-,I), (I,-)] jsou interpretovány jako nereaktivní a tyto vzorky
dárců jsou označeny jako Complete, Non-Reactive (obr. 1.9).
Obrázek 1.8
Příklad 2D matrixu 3
Naplánováno pro tvorbu směsí
pro rozlišení
Obrázek 1.9
Příklad 2D matrixu 4
Naplánováno pro
tvorbu směsí pro rozlišení
1.10 02/2008, verze 1.0
Příklad 5
Jedna vodorovná 2D směs a dvě svislé 2D směsi (nebo naopak) jsou
reaktivní (+). Všechny ostatní 2D směsi jsou nereaktivní (-). Vzorky dárců
v průnicích (+,+) jsou naplánovány pro tvorbu směsí pro rozlišení.
Všechny ostatní průniky [(-,-), (+,-), (-,+)] jsou interpretovány jako
nereaktivní a tyto vzorky dárců jsou označeny jako Complete,
Non-Reactive (obr. 1.10).
Příklad 6
Jedna vodorovná a jedna svislá 2D směs je reaktivní (+). Jedna 2D směs
(v jakémkoli směru) je neplatná (I). Všechny ostatní 2D směsi jsou
nereaktivní (-). Vzorky dárců v průnicích [(+,+), (+,I), (I,+)] jsou
naplánovány
pro
tvorbu směsí pro rozlišení
. Všechny ostatní průniky
[(-,-), (+,-), (-+),
(-,I), (I,-)] jsou interpretovány jako nereaktivní a tyto
vzorky dárců jsou označeny jako Complete, Non-Reactive (obr. 1.11).
Obrázek 1.10
Příklad 2D matrixu 5
Naplánováno pro
tvorbu směsí pro rozlišení
Obrázek 1.11
Příklad 2D matrixu 6
Naplánováno pro
tvorbu směsí pro rozlišení
Algoritmy pro vytváření směsí (pooling)
02/2008, verze 1.0 1.11
Příklad 7
Dvě svislé 2D směsi jsou reaktivní (+) a jedna vodorovná 2D směs je
neplatná (I) (nebo naopak). Všechny ostatní 2D směsi jsou nereaktivní (-).
Vzorky dárců v průnicích [(I,+), (+,I)] jsou naplánovány pro tvorbu směsí
pro rozlišení. Všechny ostatní průniky [(-,-), (-,+), (+,-), (-,I), (I,-)] jsou
interpretovány jako nereaktivní a tyto vzorky dárců jsou označeny jako
Complete, Non-Reactive (obr. 1.12).
Příklad 8
Výsledky všech 2D směsí jsou neplatné (I) nebo je uživatel odmítl. Celý
soubor je neplatný. Všechny vzorky dárců jsou naplánovány pro
(opakovanou) 2D tvorbu směsí (obr. 1.13).
Opakovaná 2D směs je k dispozici tehdy, jestliže výsledky všech 2D
směsí jsou neplatné.
Obrázek 1.12
Příklad 2D matrixu 7
Naplánováno pro
tvorbu směsí pro rozlišení
Obrázek 1.13
Příklad 2D matrixu 8
1.12 02/2008, verze 1.0
Příklad 9
Jedna vodorovná 2D směs je reaktivní (+). Svislé 2D směsi neodpovídá
žádný
reaktivní test. Všechny ostatní 2D směsi jsou nereaktivní (-).
Vzorky
dárců v průnicích (+,-) jsou naplánovány pro tvorbu směsí pro rozlišení.
Všechny ostatní průniky (-,-) jsou interpretovány jako nereaktivní a tyto
vzorky dárců jsou označeny jako Complete, Non-Reactive (obr. 1.14).
Příklad 10
Jedna svislá 2D směs je reaktivní (+). Vodorovné 2D směsi neodpovídá
žádný reaktivní test. Všechny ostatní 2D směsi jsou nereaktivní (-).
Vzorky dárců v průnicích (-,+) jsou naplánovány pro tvorbu směsí pro
rozlišení. Všechny ostatní průniky (-,-) jsou interpretovány jako
nereaktivní a tyto vzorky dárců jsou označeny jako Complete,
Non-Reactive (obr. 1.15).
Obrázek 1.14
Příklad 2D matrixu 9
Naplánováno pro tvorbu směsí
pro rozlišení
Obrázek 1.15
Příklad 2D matrixu 10
Naplánováno pro tvorbu směsí
pro rozlišení
Algoritmy pro vytváření směsí (pooling)
02/2008, verze 1.0 1.13
Příklad 11
Jedna vodorovná 2D směs je neplatná (I). Svislé 2D směsi neodpovídá
žádný neplatný test. Všechny ostatní 2D směsi jsou nereaktivní (-).
Vzorky dárců v průnicích (I,-) jsou naplánovány pro tvorbu směsí pro
rozlišení. Všechny ostatní průniky (-,-) jsou interpretovány jako
nereaktivní a tyto vzorky dárců jsou označeny jako Complete,
Non-Reactive (obr. 1.16).
Příklad 12
Jedna svislá 2D směs je neplatná (I). Vodorovné 2D směsi neodpovídá
žádný neplatný test. Všechny ostatní 2D směsi jsou nereaktivní (-).
Vzorky dárců v průnicích (-,I) jsou naplánovány pro tvorbu směsí pro
rozlišení. Všechny ostatní průniky (-,-) jsou interpretovány jako
nereaktivní a tyto vzorky dárců jsou označeny jako Complete,
Non-Reactive (obr. 1.17).
Obrázek 1.16
Příklad 2D matrixu 11
Naplánováno pro tvorbu směsí
pro rozlišení
Obrázek 1.17
Příklad 2D matrixu 12
Naplánováno pro tvorbu směsí
pro rozlišení
1.14 02/2008, verze 1.0
Tvorba směsí pro ověření
Tvorba směsí pro ověření je naplánována místo 2D tvorby směsí
v případě, že reaktivní primární směs obsahuje menší než očekávaný
počet vzorků z důvodu chyb(y) při pipetování.
Správce laboratoře může také zvolit provedení tvorby směsí pro
ověření namísto provedení 2D tvorby směsí. Jakmile ale byla
zahájena 2D tvorba směsí, algoritmus 2D tvorby směsí se musí
dokončit.
Tvorba směsí pro ověření umožňuje, aby byly některé vzorky testovány
individuálně (např. pro potvrzení pozitivních výsledků sérologického
testu). Potenciálně reaktivní vzorky dárců se identifikují před začátkem
tvorby směsí pro ověření (viz Záložka Exclude Donors v Referenční
příručce k hardwaru a softwaru pro systém cobas s 201). Tyto vzorky se
pipetují do směsí o jednom vzorku. Zbývající vzorky se pipetují do směsí
s menším počtem vzorků. Všechny směsi se testují na přítomnost
sledovaného analytu (obr. 1.18).
• Je-li směs o jednom vzorku nereaktivní, je vzorek dárce prohlášen
za nereaktivní.
• Je-li směs s více vzorky nereaktivní, všechny vzorky dárce ve směsi
jsou prohlášeny za nereaktivní.
• Je-li směs o jednom vzorku reaktivní, je vzorek dárce prohlášen za
reaktivní.
• Jestliže je směs s více vzorky reaktivní, pro všechny vzorky dárce ve
směsi se naplánuje tvorba směsí pro rozlišení (obr. 1.19).
• Jestliže je výsledek testu neplatný, je možné tvorbu směsí pro
ověření opakovat.
Obrázek 1.18
Tvorba směsí pro ověření
Tvorba směsí
pro rozlišení
Tvorba směsí
pro ověření
Complete,
Non-Reactive
Nereaktivní
Výsledek
Complete,
Reactive
Reaktivní
Počet
vzorků ve
směsi
Shodný 1
Vyřaďte dárce
s externím
pozitivním testem
Více než 1
Neplatný
Algoritmy pro vytváření směsí (pooling)
02/2008, verze 1.0 1.15
Tvorba směsí pro rozlišení
Tvorba směsí pro rozlišení je naplánována pro vzorky s chybami při
pipetování při běhu primární tvorby směsi a pro vzorky, které jsou
v reaktivní směsi pro ověření nebo v reaktivní 2D směsi. Každá směs pro
rozlišení obsahuje alikvotní podíl vzorku jednoho dárce.
Správce laboratoře může použít tvorbu směsí pro rozlišení
k vyřešení neplatných nebo reaktivních výsledků.
Směsi pro rozlišení se testují na přítomnost sledovaného analytu
(obr. 1.19).
• Je-li směs pro rozlišení nereaktivní, je vzorek dárce prohlášen za
nereaktivní.
• Je-li směs pro rozlišení reaktivní, je vzorek dárce prohlášen za
reaktivní.
• Je-li směs pro rozlišení neplatná, musí být vzorek dárce zařazen do
jiné směsi pro rozlišení.
Obrázek 1.19
Tvorba směsí pro rozlišení
Tvorba směsí
pro rozlišení
Nereaktivní
Neplatný
Complete,
Non-Reactive
Complete,
Reactive
Reaktivní
Výsledek
1.16 02/2008, verze 1.0
Tato stránka byla záměrně ponechána prázdná.
-
1
-
2
-
3
-
4
-
5
-
6
-
7
-
8
-
9
-
10
-
11
-
12
-
13
-
14
-
15
-
16
Roche cobas s 201 system Používateľská príručka
- Typ
- Používateľská príručka
Súvisiace články
-
Roche cobas s 201 system Používateľská príručka
-
-
-
-
-
-
-
-
-