Roche uPath IVD Používateľská príručka

Značka: Roche

Model: uPath IVD

Typ: Používateľská príručka

Průvodce obrazovou analýzou uPath

HER2 Dual ISH pro algoritmus prsu

Obsah

Úvod 1

Shrnutí a vysvětlení algoritmu 2

Klinický význam 3

Určené použití 4

Určené použití výrobku 4

Účel průvodce algoritmem 4

Principy testování 5

Omezení 6

Charakteristiky sítě 7

Zabezpečení údajů 8

Pracovní postup pro použití algoritmu uPath HER2 Dual ISH 9

Pracovní postup pro patologa 11

Charakteristiky barvení 20

Funkční charakteristiky 32

Srovnání metod 32

Studie reprodukovatelnosti – patolog 33

Studie reprodukovatelnosti – skener 34

Odstraňování problémů 35

Literatura 39

Úvod

Software společnosti Roche uPath enterprise software

(uPath enterprise software) s obrazovou analýzou uPath HER2

Dual ISH pro algoritmus prsu (algoritmus uPath HER2 Dual ISH)

je softwarový systém navržený jako pomůcka při kvantitativním

posuzování stavu genu HER2 pomocí dvoubarevné chromogenní

in situ hybridizace (ISH) v běžných a neoplastických tkáních

ﬁxovaných formalínem, zalitých parafínem (FFPE).

Software uPath enterprise software je komplexní softwarové

řešení digitální patologie, které umožňuje patologickým

laboratořím získávat, spravovat, prohlížet, analyzovat, sdílet a hlásit

digitální obrazy patologických vzorků. Pomocí softwaru uPath

enterprise software si může patolog prohlížet digitální obrazy v

různých zvětšeních, přidávat k nim poznámky, provádět měření

tkáňových řezů, provádět obrazovou analýzu a generovat zprávy.

POZNÁMKA: Algoritmus uPath HER2 Dual ISH je pomocná,

počítačem podporovaná metodika, která slouží jako pomůcka při

získávání a měření obrazů z mikroskopických sklíček tkáňových

vzorků obarvených pomocí ISH za účelem stanovení stavu genu

HER2. Aby skóre obrazových analýz byla platná, musí patolog

ověřit shodu použitím vhodných kontrol, jak je uvedeno v

metodickém listu VENTANA HER2 Dual ISH DNA Probe Cocktail

(VENTANA HER2 Dual ISH) (dostupném na webových stránkách

dialog.roche.com).

1 Průvodce obrazovou analýzou uPath HER2 Dual ISH pro algoritmus prsu

Shrnutí a vysvětlení algoritmu

U aplikací obrazové analýzy může patolog pomocí softwaru uPath

enterprise software vybrat jednu nebo dvě (v případě potřeby)

oblasti zájmu (region of interest, ROI) a s využitím nástroje Quick

ROI (Rychlé označení oblasti zájmu) může vyznačit její/jejich

obrysy. Jednotlivé oblasti ROI lze prohlížet při různých zvětšeních

a poté analyzovat pomocí algoritmu uPath HER2 Dual ISH. Tepelná

mapa vede patology k oblastem, které algoritmus identiﬁkoval

jako oblasti s vysokou ampliﬁkací signálů HER2.

Když patolog nakreslí oblast ROI pomocí nástroje Quick ROI (Rychlé

označení oblasti zájmu) – pro spuštění analýzy je nutné použít

nástroj Quick ROI (Rychlé označení oblasti zájmu)–, algoritmus

uPath HER2 Dual ISH nejprve identiﬁkuje 20 reprezentativních

nádorových buněk. Buňky jsou seřazeny podle: velikosti buněk,

přítomnosti alespoň jednoho signálu HER2 a jednoho signálu

Chr17 a spolehlivosti segmentace. Je vypočítán celkový počet

signálů HER2 a Chr17 pro 20 reprezentativních nádorových buněk.

Kvantiﬁkací signálů HER2 a Chr17 generuje algoritmus uPath

HER2 Dual ISH poměr HER2/Chr17. Patolog může přijmout vybrané

buňky a skóre poskytnuté algoritmem uPath HER2 Dual ISH, anebo

může buňky ručně nahradit a přepsat skóre jiným skóre. Patolog

může také počáteční oblast ROI smazat a nahradit ji novou ROI ve

vhodnější oblasti tkáně.

Algoritmus uPath HER2 Dual ISH neprovádí žádné nezávislé

interpretace dat, a proto by jej měl používat pouze kvaliﬁkovaný

patolog ve spojení s histologickým vyšetřením, příslušnými klinickými

informacemi a náležitými kontrolami. Je navržen a indikován jako

pomůcka pro patologa při posuzování stavu genu HER2.

2 Průvodce obrazovou analýzou uPath HER2 Dual ISH pro algoritmus prsu

Klinický význam

Rakovina prsu je nejčastějším karcinomem vyskytujícím se u žen a

druhou nejčastější příčinou úmrtí související s rakovinou. Celková

prognóza může být významně zlepšena včasným odhalením

a vhodnou léčbou.

Přestože se exprese proteinu liší podle

podtypu karcinomu prsu, je u rakoviny prsu důležitým markerem

onkoprotein c-erbB-2 (HER2). HER2 je transmembránový protein

přítomný v buněčné membráně. Exprimuje se v karcinomech prsu

na různých úrovních a s různými vzorci exprese.

Úzce souvisí s EGFR a vykazuje tyrosinkinázovou aktivitu, což

naznačuje, že může být zapojen do signální transdukce a stimulace

mitogenní aktivity.

Gen HER2, lokalizovaný na Chr17 u lidí, kóduje

protein HER2. Nadměrná exprese proteinu HER2, ampliﬁkace genu

HER2 nebo obojí se vyskytuje u přibližně 15 až 25 procent rakovin

prsu a jsou spojeny s agresivním chováním nádorů.

3–7

K detekci ampliﬁkace genu HER2 u invazivního karcinomu

prsu lze použít hybridizaci in situ, což z ní činí účinný nástroj

pro patology při diagnostice a stanovování prognózy ohledně

karcinomů. Analýza VENTANA HER2 Dual ISH je určena pro

laboratorní použití pro kvantitativní detekci a stanovení počtu

genů HER2 v řezech běžné i neoplastické tkáně ﬁxované

formalínem, zalité parafínem. Výhodou histologických tkáňových

přípravků je, že u intaktní tkáně lze při interpretaci pozitivity

na HER2 u pacientského vzorku využít morfologii. Všechny

histologické testy by měly být interpretovány odborníkem na

morfologii rakoviny prsu a/nebo patologii. Výsledky by měly

být doplněny morfologickými studiemi, správnými kontrolami a

použity ve spojení s dalšími klinickými a laboratorními údaji.

3 Průvodce obrazovou analýzou uPath HER2 Dual ISH pro algoritmus prsu

Určené použití výrobku

Obrazová analýza uPath HER2 Dual ISH pro algoritmus prsu je

určena k použití jako pomůcka pro patologa při stanovování stavu

genu HER2 vyčíslením poměru genu HER2 k chromozomu 17

ve vzorcích neoplastické prsní tkáně ﬁxované formalínem, zalité

parafínem. Při použití společně s analýzou VENTANA HER2 Dual

ISH Assay je indikována jako pomůcka při posuzování pacientů s

karcinomem prsu, u nichž se zvažuje léčba přípravkem Herceptin

(trastuzumabem).

Poznámka: Obrazová analýza uPath HER2 Dual ISH pro algoritmus

prsu je pomocná, počítačem podporovaná metodika, která slouží

jako pomůcka při získávání a měření obrazů z mikroskopických

sklíček tkáňových vzorků, které prošly chromogenním barvením

pomocí hybridizace in situ (ISH), za účelem stanovení stavu

genu HER2. Aby skóre obrazových analýz byla platná, musí

patolog ověřit shodu použitím vhodných kontrol, jak je uvedeno

v metodickém listu VENTANA HER2 Dual ISH Assay (PN

1018383EN).

Tento algoritmus je určen pro diagnostické použití in vitro (IVD).

Určené použití

Účel průvodce algoritmem

Tento průvodce algoritmem uPath HER2 Dual ISH (průvodce

algoritmem) má následující účely:

• Poskytnout základní informace o určeném použití algoritmu

uPath HER2 Dual ISH a o principech a omezeních testování.

• Deﬁnovat potřebné materiály, IT, zabezpečení dat a síťové

požadavky.

• Znázornit postupné pokyny pro spuštění algoritmu uPath

HER2 Dual ISH.

• Poskytnout fotograﬁe, které ilustrují, jak by měl být algoritmus

uPath HER2 Dual ISH používán.

• Poskytnout patologům nástroj k usnadnění použití algoritmu

uPath HER2 Dual ISH na FFPE řezech prsní tkáně, které byly

obarveny analýzou VENTANA HER2 Dual ISH.

• Poskytnout příklady obrazů z náročných případů, které

mohou poskytnout vodítko, jak při jejich vyhodnocení použít

algoritmus uPath HER2 Dual ISH.

• Zobrazit funkční charakteristiky algoritmu uPath HER2 Dual ISH.

4 Průvodce obrazovou analýzou uPath HER2 Dual ISH pro algoritmus prsu

Principy testování

Algoritmus stanovení kvantitativního skóre pro analýzu

VENTANA HER2 Dual ISH:

Analýza VENTANA HER2 Dual ISH DNA používá algoritmus

stanovení kvantitativního skóre ke stanovení poměru HER2/Chr17.

Algoritmus uPath HER2 Dual ISH byl navržen podle algoritmu

stanovení skóre pro analýzu VENTANA HER2 Dual ISH (uvedeného

níže) a tak, aby byl dodržen pracovní postup podrobně popsaný v

metodickém listu k analýze VENTANA HER2 Dual ISH.

Software uPath enterprise software s algoritmem uPath HER2

Dual ISH využívá technologii obrazové analýzy k získání stavu

genu HER2.

Algoritmus uPath HER2 Dual ISH používá předdeﬁnované

parametry ke stanovení skóre u obrazů tkáně, která byla obarvena

pomocí analýzy VENTANA HER2 Dual ISH.

Kroky obrazové analýzy:

• Detekce buněk v celém obrazu.

• Identiﬁkace vyhodnotitelných buněk a výběr 20 reprezentativních

nádorových buněk na základě: velikosti buněk, počtu červených

a černých signálů a spolehlivosti segmentace.

• Výpočet stavu genu HER2 vydělením celkového počtu signálů

HER2 celkovým počtem signálů Chr17 podle metodického listu

k analýze VENTANA HER2 Dual ISH.

Způsob identiﬁkace nádorových buněk a výpočtu skóre u

algoritmu uPath HER2 Dual ISH:

• Algoritmus uPath HER2 Dual ISH identiﬁkuje nádorové buňky

pomocí barvy, intenzity, velikosti a morfologických znaků.

• Identiﬁkované nádorové buňky jsou stratiﬁkovány pomocí

přednastavených prahových hodnot, které jsou v souladu s

metodickým listem k analýze VENTANA HER2 Dual ISH.

• Za účelem výpočtu stavu genu HER2 kvantiﬁkuje algoritmus

uPath HER2 Dual ISH identiﬁkované signály HER2 (černé)

a Chr17 (červené) a generuje poměr HER2/Chr17 podle

metodického listu k analýze VENTANA HER2 Dual ISH.

Vypočítej poměr HER2/Chr17 vydělením

celkového počtu signálů HER2

z cílové oblasti 1 celkovým počtem

signálů Chr17 z cílové oblasti 1

Spočítej signály HER2 a Chr17

ve 20 jádrech

Urči a vyber cílovou oblast

Spočítej dalších

20 jader

Hlášení výsledků

Neampliﬁkováno

HER2/Chr17<2,0

Ampliﬁkováno

HER2/Chr17≥2,0

Vypočítej poměr HER2/Chr17

vydělením celkového počtu

signálů HER2 z cílové

oblasti 1 a 2 celkovým

počtem signálů Chr17

z cílové oblasti 1 a 2

Nevhodné

Start

HER2/Chr17 –

obarvené sklíčko

Je sklíčko

vhodné?

Je HER2/Chr17

1,8–2,2?

Ano

5 Průvodce obrazovou analýzou uPath HER2 Dual ISH pro algoritmus prsu

Algoritmus uPath HER2 Dual ISH je navržen pro práci s analýzou

VENTANA HER2 Dual ISH. Výsledky testu jsou jen tak dobré, jak je

dobrá kvalita a přesnost zobrazovaného sklíčka ISH a následného

analyzovaného obrazu.

Patolog musí validovat barvení pomocí analýzy VENTANA HER2

Dual ISH vyšetřením sklíčka na softwaru uPath enterprise

software. Dále musí pomocí interních kontrol ověřit, že před

analýzou obrazů sklíček byly získány očekávané výsledky.

Použijte doporučení výrobce pro analýzu VENTANA HER2 Dual ISH,

včetně použití všech pozitivních a negativních materiálů pro kontrolu

kvality pro jednotlivé cykly barvení. Pokud nejsou interní kontroly

přijatelné, proveďte barvení tkáně znovu s přijatelnými výsledky.

Patolog musí dodržovat doporučení pro interpretaci analýzy

VENTANA HER2 Dual ISH.

Prostudujte si metodický list k analýze VENTANA HER2 Dual ISH

(P/N1018383EN) a průvodce interpretacemi (P/N1018386EN)

(k dispozici na webových stránkách dialog.roche.com).

Algoritmus uPath HER2 Dual ISH by měl používat pouze

kvaliﬁkovaný patolog ve spojení s histologickým vyšetřením,

příslušnými klinickými informacemi a náležitými kontrolami. Není

určen jako samostatný nástroj a v celém procesu analýzy vyžaduje

zasahování ze strany kompetentní osoby.

Algoritmus uPath HER2 Dual ISH může generovat nesprávná

skóre, pokud mají zachycené obrazy abnormální zbarvení

(necílové zbarvení, přebarvení kontrastním barvivem atd.)

Algoritmus uPath HER2 Dual ISH může odmítnout protáhlá

nádorová jádra, a to bez ohledu na celkový tvar buňky. Z tohoto

důvodu může být nutné vyhodnotit nádory obsahující velké

množství buněk s protáhlými nádorovými jádry ručně.

Algoritmus uPath HER2 Dual ISH byl vyškolen, vyvinut a validován

na vzorcích tkáně invazivního karcinomu.

Algoritmus uPath HER2 Dual ISH nebyl testován ani nebyla

validována jeho bezpečnost a účinnost při použití s osobním

počítačem (PC) z domova.

Algoritmus uPath HER2 Dual ISH může chybně charakterizovat

lymfocyty jako nádorové buňky. Patolog by měl vizuálně pečlivě

zkontrolovat tkáň, a pokud je to možné, vyhnout se oblastem

tkáně, kde imunitní buňky tvoří více než 30% všech buněk.

Algoritmus uPath HER2 Dual ISH je indikován k použití jako

pomůcka při identiﬁkaci pacientů pro léčbu přípravkem Herceptin

na základě ampliﬁkace genu HER2 v souladu se schváleným

označením terapeutického výrobku.

Omezení

6 Průvodce obrazovou analýzou uPath HER2 Dual ISH pro algoritmus prsu

Charakteristiky sítě

Doporučuje se 1Gb/s síťové připojení mezi softwarem uPath enterprise software a systémem pro správu obrazů (Image Management

System, IMS).

Tabulka 1 Speciﬁkace serveru Roche uPath pro obrazovou analýzu pro malé laboratoře.

Parametr Podrobnosti

Procesor CPU @ 3,6 GHz

Počet jader 4

RAM 6× 8GB (48 GB)

Funkce hyper-threading Deaktivována

Pevný disk 240 GB SSD

Operační systém Microsoft Windows Server 2016

Podpora virtuálních strojů (Virtual Machine, VM) Ano

Další informace o VM Výkon se bude lišit od fyzických serverů kvůli času komunikace virtuálních strojů.

Antivirus Symantec Endpoint Protection, verze 12

Napájení 110V / 220V, 800 W (2)

Porty 2 USB, adaptér HPE Eth 10/25 Gb

Nepřerušitelný zdroj energie Doporučeno

Tabulka 2 Speciﬁkace serveru Roche uPath pro obrazovou analýzu pro střední až velké laboratoře.

Parametr Podrobnosti

Procesor CPU @ 3,6 GHz (2 procesory)

Počet jader 8 na procesor / 16 celkem

RAM 12× 8GB (96 GB)

Funkce hyper-threading Deaktivována

Pevný disk 240 GB SSD (2×)

Operační systém Microsoft Windows Server 2016

Podpora virtuálních strojů (Virtual Machine, VM) Ano

Další informace o VM Výkon se bude lišit od fyzických serverů kvůli času komunikace virtuálních strojů.

Antivirus Symantec Endpoint Protection, verze 12

Napájení 110V / 220V, 800 W (2)

Porty 2 USB, adaptér HPE Eth 10/25 Gb

Nepřerušitelný zdroj energie Doporučeno

7 Průvodce obrazovou analýzou uPath HER2 Dual ISH pro algoritmus prsu

Škodlivý software nebo neoprávněný přístup k přístroji mohou mít

za následek ztrátu dat nebo nedostupnost přístroje.

Aby nedošlo k inﬁkování škodlivým softwarem nebo

neoprávněnému přístupu k přístroji a jeho zneužití, jsou nezbytná

následující doporučená opatření:

• Do přístroje neinstalujte ani nespouštějte žádný jiný software.

• Zajistěte, aby ostatní počítače a služby v síti byly řádně

zabezpečeny a chráněny před škodlivým softwarem a

neoprávněným přístupem. Například laboratorní informační

systém (Laboratory Information System, LIS), sdílená složka

archivu, sdílená složka záloh nebo servis.

• Zákazníci rovněž odpovídají za zabezpečení své místní sítě,

zejména při ochraně před škodlivým softwarem a útoky. Tato

ochrana může zahrnovat opatření, jako je brána ﬁrewall, k

oddělení zařízení od neřízených sítí. Tato ochrana může také

zahrnovat opatření, která zajistí, že připojená síť neobsahuje

škodlivý kód.

• Omezte fyzický přístup k přístroji a veškeré připojené IT

infrastruktuře (počítačům, kabelům, síťovým zařízením atd.).

• Zajistěte, aby zálohovací a archivační soubory přístroje byly

chráněny před neoprávněným přístupem a kolapsem. Do tohoto

seznamu patří také umístění vzdáleného úložiště, místa pro

obnovu po kolapsu a zabezpečený přenos záložních souborů.

• Pokud je to možné, omezte síťový provoz pomocí brány

ﬁrewall.

• USB ﬂash disky lze použít pro několik druhů záloh i obnov.

Nesprávné zacházení s USB ﬂash diskem může mít za

následek ztrátu dat nebo poruchu přístroje.

• Používejte pouze USB ﬂash disky, které byly vyzkoušeny a

nainstalovány místním servisním zástupcem společnosti Roche.

• V jednom okamžiku lze používat pouze jedno USB zařízení.

Před vložením USB ﬂash disku zkontrolujte, zda není vloženo

žádné jiné USB zařízení.

• Před vyjmutím USB ﬂash disku klikněte v systému Windows na

tlačítko Eject (Vysunout).

• Výchozí konﬁgurace operačního systému (OS) dodávaná se

serverem by neměla být měněna, protože to má dopad na

zabezpečenou konﬁguraci OS.

• Aby nedošlo k inﬁkování softwaru uPath enterprise software

počítačovým virem, používejte USB ﬂash disk výhradně na

přístroji. Na tento USB ﬂash disk neukládejte žádná jiná data.

Zabezpečení údajů

8 Průvodce obrazovou analýzou uPath HER2 Dual ISH pro algoritmus prsu

Pracovní postup pro použití algoritmu uPath HER2 Dual ISH

Dodané materiály

• Algoritmus uPath HER2 Dual ISH

Potřebné materiály, které nejsou součástí dodávky

• Software uPath enterprise software

• Sklíčka s prsní tkání obarvená pomocí analýzy VENTANA HER2 Dual ISH (s použitím detekčních souprav VENTANA Silver ISH DNP

a VENTANA Red ISH DIG) na přístroji BenchMark ULTRA

• Skener sklíček VENTANA DP 200

Varování a bezpečnostní opatření

1. Pro diagnostické použití in vitro (IVD).

2. Pouze pro profesionální použití.

3. UPOZORNĚNÍ: Podle federálního zákona USA smí být toto zařízení prodáváno pouze na pokyn nebo na objednávku lékaře. (Rx only)

4. Chcete-li ohlásit podezření na závažné incidenty související s tímto zařízením, kontaktujte místního zástupce společnosti Roche a

příslušný orgán členského státu nebo země, ve které má uživatel sídlo.

Pracovní postup

1. Vzorek prsní tkáně na podložním sklíčku je obarven analýzou VENTANA HER2 Dual ISH za použití přístroje BenchMark ULTRA.

2. Pořizování obrazu (skenování celého sklíčka) se provádí pomocí skeneru sklíček VENTANA DP 200 při 40násobném zvětšení v

jedné rovině z.

3. Po získání digitálních obrazů se tyto obrazy přenesou z počítače připojeného ke skeneru sklíček VENTANA DP 200 do systému

správy obrazů (IMS) na centralizovaném serveru.

4. Po přenosu na server bude v softwaru uPath enterprise software vytvořen případ. Případ může být vytvořen automaticky na

základě komunikace s laboratorním informačním systémem (LIS) pomocí identiﬁkačních údajů (tj. typu tkáně a analýzy), které jsou

uvedeny na štítku s čárovým kódem podložního sklíčka nebo zadané ručně do softwaru uPath enterprise software (viz uživatelská

příručka k softwaru uPath enterprise software (PN 1018943EN)).

5. Pokud je nainstalován algoritmus uPath HER2 Dual ISH (musí být nainstalován na samostatném serveru mimo software uPath

enterprise software a IMS) a obraz se 40násobným zvětšením je získán s příslušným typem barviva a tkáně, pak software uPath

enterprise software automaticky spustí analýzu celého sklíčka (Whole Slide Analysis, WSA).

6. WSA automaticky analyzuje celý naskenovaný obraz.

7. Jakmile je WSA dokončena, software patologa informuje, že „analysis is complete“ (analýza je dokončena).

8. Když patolog otevře obraz, bude moci přepínat tepelnou mapu, která zvýrazní oblasti vhodné pro stanovení skóre na základě

přítomnosti signálů HER2.

9. Jakmile je identiﬁkována vhodná oblast, může patolog pomocí nástroje Quick ROI (Rychlé označení oblasti zájmu) vybrat oblast ROI.

Tento nástroj automaticky vygeneruje čtverec o rozměrech 0,4 mm × 0,4 mm, aby stanovil skóre u 20 reprezentativních nádorových

buněk vybraných algoritmem uPath HER2 Dual ISH na základě: velikosti buňky, počtu signálů HER2 a Chr17 a spolehlivosti segmentace.

Pokud patolog s výběrem buněk nesouhlasí, může buňky odebrat a přidat je výběrem buněk na panelu ROI Details (Podrobnosti oblasti

zájmu) nebo přímo v oblasti ROI. Patolog může také počáteční oblast ROI smazat a nahradit ji novou ROI ve vhodnější oblasti tkáně.

10. Pokud je hodnota poměru HER2/Chr17 mezi 1,8 a 2,2, může patolog použít nástroj Quick ROI (Rychlé označení oblasti zájmu) k

nakreslení druhé oblasti ROI a analyzovat druhou sadu 20 buněk podle metodického listu k analýze VENTANA HER2 Dual ISH.

Pokud je však skóre pro první oblast ROI <1,8 nebo >2,2, nástroj Quick ROI (Rychlé označení oblasti zájmu) bude deaktivován a

stav genu HER2 bude vycházet pouze z první oblasti ROI. Pokud patolog se skóre nesouhlasí, může algoritmus ručně přepsat.

9 Průvodce obrazovou analýzou uPath HER2 Dual ISH pro algoritmus prsu

Barvení

• Příprava i barvení tkáně by se měly řídit doporučeními uvedenými v metodickém listu k analýze VENTANA HER2 Dual ISH.

• Všechny řádné kontroly by měly být zkontrolovány, a pokud barvení nesplňuje pokyny uvedené v metodickém listu k analýze

VENTANA HER2 Dual ISH, sklíčka by měla být znovu obarvena.

• Algoritmus uPath HER2 Dual ISH vyžaduje k obarvení tkání před analýzou použití analýzy VENTANA HER2 Dual ISH a veškerých

dalších látek a spotřebního materiálu uvedeného v metodickém listu k analýze VENTANA HER2 Dual ISH.

• Analýza VENTANA HER2 Dual ISH určuje stav genu HER2 v prsní tkáni FFPE obarvené detekčními soupravami VENTANA Silver ISH DNP

a VENTANA Red ISH DIG na přístroji BenchMark ULTRA.

Zachycení obrazu

Pro skenování sklíček je vyžadován skener sklíček VENTANA DP 200. Obrazy je nutné skenovat při 40násobném zvětšení. Doporučuje

se, aby tkáň neobsahovala přehyby a barvivo. Pokud jsou velké části obrazu rozostřené, doporučuje se sklíčka naskenovat znovu. Další

informace o skenování najdete v uživatelské příručce ke skeneru sklíček VENTANA DP 200 (PN1017149CS).

Obecná navigace: Software uPath enterprise software

Software uPath enterprise software má být přizpůsobitelný individuálním a místním potřebám, mimo jiné včetně konﬁgurace zpráv a

uživatelského rozhraní. Tento průvodce algoritmem se zaměřuje na nástroje nezbytné pouze pro použití algoritmu uPath HER2 Dual ISH.

Další informace o softwaru uPath enterprise software naleznete v uživatelské příručce k softwaru uPath enterprise software.

10 Průvodce obrazovou analýzou uPath HER2 Dual ISH pro algoritmus prsu

Pracovní postup pro patologa

Otevření případu

Obrazy prsní tkáně obarvené pomocí analýzy VENTANA HER2 Dual ISH DNA lze otevřít dvojitým kliknutím na případ nebo výběrem

případu a stisknutím záložky Viewer (Prohlížeč) v softwaru uPath enterprise software (obrázek 1).

Zobrazí se obrazovka se všemi obrazy spojenými s daným případem (obrázek 2).

Obrázek 2

Obrázek 1

11 Průvodce obrazovou analýzou uPath HER2 Dual ISH pro algoritmus prsu

Jakmile je sklíčko obarvené analýzou VENTANA HER2 Dual ISH naskenováno na skeneru sklíček VENTANA DP 200 při 40násobném

zvětšení, je obraz importován do softwaru uPath enterprise software a přidružen k případu. Algoritmus uPath HER2 Dual ISH automaticky

spustí WSA. Časy k dokončení předvýpočtového kroku WSA závisejí na speciﬁkacích serveru, velikostech obrazů a počtu obrazů ve frontě.

Zobrazená hláška „waiting to start auto-analysis“ (čekání na spuštění automatické analýzy) znamená, že obrazy jsou ve frontě a ještě budou

analyzovány. Při provádění WSA se zobrazuje „analyzing“ (analyzování) (obrázky 3 a 4). Jakmile je obraz prostřednictvím WSA v softwaru

uPath enterprise software kompletně zanalyzován, zobrazí se pod obrazem sklíčka v prohlížeči v softwaru uPath enterprise software hláška

„analysis successful“ (analýza byla úspěšná) (obrázek 5). U obrazů nelze skóre před úspěšným dokončením WSA stanovit.

Tepelná mapa

Předvýpočtový krok WSA umožňuje, aby algoritmus uPath HER2 Dual ISH vygeneroval tepelnou mapu, dostupnou na panelu Slide

Navigator (Navigátor sklíček) (obrázek 6). Tepelnou mapu lze zapínat a vypínat pomocí tlačítka Hide Heatmap (Skrýt tepelnou mapu) a

Show Heatmap (Zobrazit tepelnou mapu) v pravém dolním rohu panelu Slide Navigator (Navigátor sklíček) (obrázek 6). Tepelná mapa je

určena k identiﬁkaci oblastí se zvýšenými signály HER2, které jsou považovány za ideální pro stanovení skóre podle průvodce interpretací

analýzy VENTANA HER2 Dual ISH assay. Pohybuje se od žluté barvy (nízký poměr HER2/Chr17) po červenou (vysoký poměr HER2/

Chr17). V oblastech (a případech), kde algoritmus nezjistí ampliﬁkaci, se žádné překrytí neobjeví. Navzdory tomu, co ukazuje tepelná

mapa, je nutné, aby patolog obraz zkontroloval jako při manuálním odečítání.

Obrázek 5

Obrázek 3

Obrázek 4

Obrázek 6

POZNÁMKA: V tomto příkladu má velká část vzorku tkáně vysoký poměr HER2/Chr17, jak je znázorněno tmavě

červenými oblastmi v tepelné mapě.

12 Průvodce obrazovou analýzou uPath HER2 Dual ISH pro algoritmus prsu

Překrytí vyhodnotitelných buněk

Překrytí obrysů vyhodnotitelných buněk v červené barvě se objeví, když je obraz při 20násobném zvětšení nebo větším (obrázek 7).

Algoritmus uPath HER2 Dual ISH vybírá vyhodnotitelné buňky na základě následujících kritérií: velikost, přítomnost alespoň jednoho

signálu HER2 a jednoho signálu Chr17 a spolehlivost segmentace (buňka je jasně oddělena od sousedních buněk). Pokud kterékoli

z těchto tří kritérií není splněno, buňka bude považována za nevyhodnotitelnou a žádné překrytí se neobjeví. Překrytí identiﬁkuje

vyhodnotitelné buňky, což uživateli umožňuje určit oblasti s dostatečným počtem vyhodnotitelných nádorových buněk.

Jakmile je obraz zkontrolován a je identiﬁkována oblast zájmu (oblast nádorových buněk a příslušně obarvené buňky interní kontroly),

použijte k zahájení analýzy nástroj Quick ROI (Rychlé označení oblasti zájmu) (obrázek 8).

Obrázek 7

Obrázek 8

13 Průvodce obrazovou analýzou uPath HER2 Dual ISH pro algoritmus prsu

Po výběru nástroje Quick ROI (Rychlé označení oblasti zájmu) dojde k následujícímu:

1. Uprostřed prohlížeče se zobrazí se oblast ROI 0,4 mm × 0,4 mm (obrázek 9).

2. Překrytí všech vyhodnotitelných buněk v oblasti ROI zmizí.

3. Objeví se tučně červeně vyznačené překrytí, které označuje 20 reprezentativních nádorových buněk vybraných algoritmem

uPath HER2 Dual ISH v rámci této oblasti ROI (obrázek 9).

4. Počet HER2 a počet Chr17 pro každou buňku se objeví na vysouvacím panelu ROI Details (Podrobnosti oblasti zájmu) (obrázek 10).

5. Budou vypočteny poměr HER2/Chr17, celkové signály HER2 a celkové signály Chr17 a tyto hodnoty se zobrazí na vysouvacím

panelu ROI Details (Podrobnosti oblasti zájmu) (obrázek 10). ROI Details (Podrobnosti oblasti zájmu) lze přepínat stisknutím ikony

pro vysunutí (obrázek 11).

Obrázek 11Obrázek 9 Obrázek 10

14 Průvodce obrazovou analýzou uPath HER2 Dual ISH pro algoritmus prsu

Patologové mohou vybrat kteroukoli z 20 reprezentativních nádorových buněk s červeným překrytím a zobrazit odpovídající počet

signálů HER2 a Chr17 v této buňce, jak je identiﬁkováno algoritmem uPath HER2 Dual ISH.

Buňka bude nyní označena zeleně a odpovídající počet je na vysouvacím panelu ROI Details (Podrobnosti oblasti zájmu) zvýrazněn

modře (obrázek 12). Naopak výběrem jedné z 20 buněk ze seznamu Cell Count (Počet buněk) na vysouvacím panelu ROI Details

(Podrobnosti oblasti zájmu) se příslušná buňka zvýrazní zeleně.

Obrázek 12

15 Průvodce obrazovou analýzou uPath HER2 Dual ISH pro algoritmus prsu

Quick ROI (Rychlé označení oblasti zájmu): smazání

Pokud vybraná oblast ROI není optimální, lze ji smazat. Kliknutím na libovolné místo v oblasti ROI vyberte nástroj Quick ROI (Rychlé

označení oblasti zájmu) a poté klepněte na ikonu Delete (Smazat) na panelu Slide Panel (Panel sklíčka) (obrázek 13) nebo v obraze

sklíčka poblíž oblasti ROI (obrázek 14). Zobrazí se potvrzovací okno. Výběrem možnosti Conﬁrm (Potvrdit) vybranou oblast ROI

smažete. Chcete-li oblast ROI zachovat, vyberte možnost Cancel (Zrušit).

Quick ROI (Rychlé označení oblasti zájmu): výměna buněk

Pokud vybraná buňka (vybrané buňky) identiﬁkovaná algoritmem uPath HER2 Dual ISH nesplňuje pokyny uvedené v metodickém

listu k analýze VENTANA HER2 Dual ISH, vyberte buňku kliknutím na střed buňky nebo výběrem buňky ze seznamu Cell Count (Počet

buněk). Buňku můžete smazat kliknutím na ikonu Delete (Smazat) na vysouvacím panelu ROI Details (Podrobnosti oblasti zájmu)

nad tlačítkem Conﬁrm (Potvrdit) (obrázek 15). Po kliknutí na ikonu Delete (Smazat) bude počet buněk HER2 a Chr17 ze seznamu

buněk odstraněn a odpovídající zvýrazněná buňka bude odstraněna z oblasti ROI (řádek 8 na obrázku 16). Nyní se aktivuje ikona Add

(Přidat) (obrázek 16). Klikněte na tlačítko Add (Přidat) a přejeďte okolo nové buňky, u které má být stanoveno skóre.

Obrázek 14

Obrázek 13

Obrázek 15

Obrázek 16

16 Průvodce obrazovou analýzou uPath HER2 Dual ISH pro algoritmus prsu

Stránka sa načítava...

Roche uPath IVD Používateľská príručka

Značka: Roche

Model: uPath IVD

Typ: Používateľská príručka

Stiahnite si PDF

správa

Roche uPath IVD Používateľská príručka

Roche uPath IVD Používateľská príručka

Súvisiace články

Ostatné dokumenty