Roche uPath IVD Používateľská príručka

Typ
Používateľská príručka
Průvodce obrazovou analýzou uPath
HER2 Dual ISH pro algoritmus prsu
Obsah
Úvod 1
Shrnutí a vysvětlení algoritmu 2
Klinický význam 3
Určené použi 4
Určené použití výrobku 4
Účel průvodce algoritmem 4
Principy testování 5
Omezení 6
Charakteristiky sítě 7
Zabezpečení údajů 8
Pracovní postup pro použití algoritmu uPath HER2 Dual ISH 9
Pracovní postup pro patologa 11
Charakteristiky barvení 20
Funkční charakteristiky 32
Srovnání metod 32
Studie reprodukovatelnosti – patolog 33
Studie reprodukovatelnosti – skener 34
Odstraňování problémů 35
Literatura 39
Úvod
Software společnosti Roche uPath enterprise software
(uPath enterprise software) s obrazovou analýzou uPath HER2
Dual ISH pro algoritmus prsu (algoritmus uPath HER2 Dual ISH)
je softwarový systém navržený jako pomůcka při kvantitativním
posuzování stavu genu HER2 pomocí dvoubarevné chromogenní
in situ hybridizace (ISH) v běžných a neoplastických tkáních
fixovaných formalínem, zalitých parafínem (FFPE).
Software uPath enterprise software je komplexní softwarové
řešení digitální patologie, které umožňuje patologickým
laboratořím získávat, spravovat, prohlížet, analyzovat, sdílet a hlásit
digitální obrazy patologických vzorků. Pomocí softwaru uPath
enterprise software si může patolog prohlížet digitální obrazy v
různých zvětšeních, přidávat k nim poznámky, provádět měření
tkáňových řezů, provádět obrazovou analýzu a generovat zprávy.
POZNÁMKA: Algoritmus uPath HER2 Dual ISH je pomocná,
počítačem podporovaná metodika, která slouží jako pomůcka při
získávání a měření obrazů z mikroskopických sklíček tkáňových
vzorků obarvených pomocí ISH za účelem stanovení stavu genu
HER2. Aby skóre obrazových analýz byla platná, musí patolog
ověřit shodu použitím vhodných kontrol, jak je uvedeno v
metodickém listu VENTANA HER2 Dual ISH DNA Probe Cocktail
(VENTANA HER2 Dual ISH) (dostupném na webových stránkách
dialog.roche.com).
1 Průvodce obrazovou analýzou uPath HER2 Dual ISH pro algoritmus prsu
Shrnutí a vysvětlení algoritmu
U aplikací obrazové analýzy může patolog pomocí softwaru uPath
enterprise software vybrat jednu nebo dvě (v případě potřeby)
oblasti zájmu (region of interest, ROI) a s využitím nástroje Quick
ROI (Rychlé označení oblasti zájmu) může vyznačit její/jejich
obrysy. Jednotlivé oblasti ROI lze prohlížet při různých zvětšeních
a poté analyzovat pomocí algoritmu uPath HER2 Dual ISH. Tepelná
mapa vede patology k oblastem, které algoritmus identifikoval
jako oblasti s vysokou amplifikací signálů HER2.
Když patolog nakreslí oblast ROI pomocí nástroje Quick ROI (Rychlé
označení oblasti zájmu) – pro spuštění analýzy je nutné použít
nástroj Quick ROI (Rychlé označení oblasti zájmu)–, algoritmus
uPath HER2 Dual ISH nejprve identifikuje 20 reprezentativních
nádorových buněk. Buňky jsou seřazeny podle: velikosti buněk,
přítomnosti alespoň jednoho signálu HER2 a jednoho signálu
Chr17 a spolehlivosti segmentace. Je vypočítán celkový počet
signálů HER2 a Chr17 pro 20 reprezentativních nádorových buněk.
Kvantifikací signálů HER2 a Chr17 generuje algoritmus uPath
HER2 Dual ISH poměr HER2/Chr17. Patolog může přijmout vybrané
buňky a skóre poskytnuté algoritmem uPath HER2 Dual ISH, anebo
může buňky ručně nahradit a přepsat skóre jiným skóre. Patolog
může také počáteční oblast ROI smazat a nahradit ji novou ROI ve
vhodnější oblasti tkáně.
Algoritmus uPath HER2 Dual ISH neprovádí žádné nezávislé
interpretace dat, a proto by jej měl používat pouze kvalifikovaný
patolog ve spojení s histologickým vyšetřením, příslušnými klinickými
informacemi a náležitými kontrolami. Je navržen a indikován jako
pomůcka pro patologa při posuzování stavu genu HER2.
2 Průvodce obrazovou analýzou uPath HER2 Dual ISH pro algoritmus prsu
Klinický význam
Rakovina prsu je nejčastějším karcinomem vyskytujícím se u žen a
druhou nejčastější příčinou úmrtí související s rakovinou. Celková
prognóza může být významně zlepšena včasným odhalením
a vhodnou léčbou.
1
Přestože se exprese proteinu liší podle
podtypu karcinomu prsu, je u rakoviny prsu důležitým markerem
onkoprotein c-erbB-2 (HER2). HER2 je transmembránový protein
přítomný v buněčné membráně. Exprimuje se v karcinomech prsu
na různých úrovních a s různými vzorci exprese.
Úzce souvisí s EGFR a vykazuje tyrosinkinázovou aktivitu, což
naznačuje, že může být zapojen do signální transdukce a stimulace
mitogenní aktivity.
2
Gen HER2, lokalizovaný na Chr17 u lidí, kóduje
protein HER2. Nadměrná exprese proteinu HER2, amplifikace genu
HER2 nebo obojí se vyskytuje u přibližně 15 až 25 procent rakovin
prsu a jsou spojeny s agresivním chováním nádorů.
3–7
K detekci amplifikace genu HER2 u invazivního karcinomu
prsu lze použít hybridizaci in situ, což z ní činí účinný nástroj
pro patology při diagnostice a stanovování prognózy ohledně
karcinomů. Analýza VENTANA HER2 Dual ISH je určena pro
laboratorní použití pro kvantitativní detekci a stanovení počtu
genů HER2 v řezech běžné i neoplastické tkáně fixované
formalínem, zalité parafínem. Výhodou histologických tkáňových
přípravků je, že u intaktní tkáně lze při interpretaci pozitivity
na HER2 u pacientského vzorku využít morfologii. Všechny
histologické testy by měly být interpretovány odborníkem na
morfologii rakoviny prsu a/nebo patologii. Výsledky by měly
být doplněny morfologickými studiemi, správnými kontrolami a
použity ve spojení s dalšími klinickými a laboratorními údaji.
3 Průvodce obrazovou analýzou uPath HER2 Dual ISH pro algoritmus prsu
Určené použití výrobku
Obrazová analýza uPath HER2 Dual ISH pro algoritmus prsu je
určena k použití jako pomůcka pro patologa při stanovování stavu
genu HER2 vyčíslením poměru genu HER2 k chromozomu 17
ve vzorcích neoplastické prsní tkáně fixované formalínem, zalité
parafínem. Při použití společně s analýzou VENTANA HER2 Dual
ISH Assay je indikována jako pomůcka při posuzování pacientů s
karcinomem prsu, u nichž se zvažuje léčba přípravkem Herceptin
®
(trastuzumabem).
Poznámka: Obrazová analýza uPath HER2 Dual ISH pro algoritmus
prsu je pomocná, počítačem podporovaná metodika, která slouží
jako pomůcka při získávání a měření obrazů z mikroskopických
sklíček tkáňových vzorků, které prošly chromogenním barvením
pomocí hybridizace in situ (ISH), za účelem stanovení stavu
genu HER2. Aby skóre obrazových analýz byla platná, musí
patolog ověřit shodu použitím vhodných kontrol, jak je uvedeno
v metodickém listu VENTANA HER2 Dual ISH Assay (PN
1018383EN).
Tento algoritmus je určen pro diagnostické použití in vitro (IVD).
Určené použití
Účel průvodce algoritmem
Tento průvodce algoritmem uPath HER2 Dual ISH (průvodce
algoritmem) má následující účely:
Poskytnout základní informace o určeném použití algoritmu
uPath HER2 Dual ISH a o principech a omezeních testování.
Definovat poebné materiály, IT, zabezpečení dat a síťové
požadavky.
Znázornit postupné pokyny pro spuštění algoritmu uPath
HER2 Dual ISH.
Poskytnout fotografie, které ilustrují, jak by měl být algoritmus
uPath HER2 Dual ISH používán.
Poskytnout patologům nástroj k usnadnění použití algoritmu
uPath HER2 Dual ISH na FFPE řezech prsní tkáně, které byly
obarveny analýzou VENTANA HER2 Dual ISH.
Poskytnout příklady obrazů z náročných případů, které
mohou poskytnout vodítko, jak při jejich vyhodnocení použít
algoritmus uPath HER2 Dual ISH.
Zobrazit funkční charakteristiky algoritmu uPath HER2 Dual ISH.
4 Průvodce obrazovou analýzou uPath HER2 Dual ISH pro algoritmus prsu
Principy testování
Algoritmus stanovení kvantitativního skóre pro analýzu
VENTANA HER2 Dual ISH:
Analýza VENTANA HER2 Dual ISH DNA používá algoritmus
stanovení kvantitativního skóre ke stanovení poměru HER2/Chr17.
Algoritmus uPath HER2 Dual ISH byl navržen podle algoritmu
stanovení skóre pro analýzu VENTANA HER2 Dual ISH (uvedeného
níže) a tak, aby byl dodržen pracovní postup podrobně popsaný v
metodickém listu k analýze VENTANA HER2 Dual ISH.
Software uPath enterprise software s algoritmem uPath HER2
Dual ISH využívá technologii obrazové analýzy k získání stavu
genu HER2.
Algoritmus uPath HER2 Dual ISH používá předdefinované
parametry ke stanovení skóre u obrazů tkáně, která byla obarvena
pomocí analýzy VENTANA HER2 Dual ISH.
Kroky obrazové analýzy:
Detekce buněk v celém obrazu.
Identifikace vyhodnotitelných buněk a výběr 20 reprezentativních
nádorových buněk na základě: velikosti buněk, počtu červených
a černých signálů a spolehlivosti segmentace.
počet stavu genu HER2 vydělením celkového počtu signálů
HER2 celkovým ptem signálů Chr17 podle metodického listu
k analýze VENTANA HER2 Dual ISH.
Způsob identifikace nádorových buněk a výpočtu skóre u
algoritmu uPath HER2 Dual ISH:
Algoritmus uPath HER2 Dual ISH identifikuje nádorové buňky
pomocí barvy, intenzity, velikosti a morfologických znaků.
Identifikované nádorové buňky jsou stratifikovány pomocí
ednastavených prahových hodnot, které jsou v souladu s
metodickým listem k analýze VENTANA HER2 Dual ISH.
Za účelem výptu stavu genu HER2 kvantifikuje algoritmus
uPath HER2 Dual ISH identifikované signály HER2er)
a Chr17 (červené) a generuje poměr HER2/Chr17 podle
metodického listu k analýze VENTANA HER2 Dual ISH.
Vypočítej poměr HER2/Chr17 vydělením
celkového počtu signálů HER2
z cílové oblasti 1 celkovým počtem
signálů Chr17 z cílové oblasti 1
Spočítej signály HER2 a Chr17
ve 20 jádrech
Urči a vyber cílovou oblast
Spočítej dalších
20 jader
Hlášení výsledků
Neamplifikováno
HER2/Chr17<2,0
Amplifikováno
HER2/Chr17≥2,0
Vypočítej poměr HER2/Chr17
vydělením celkového počtu
signálů HER2 z cílové
oblasti 1 a 2 celkovým
počtem signálů Chr17
z cílové oblasti 1 a 2
Nevhodné
Start
HER2/Chr17 –
obarvené sklíčko
Je sklíčko
vhodné?
Je HER2/Chr17
1,8–2,2?
Ano
Ano
Ne
Ne
5 Průvodce obrazovou analýzou uPath HER2 Dual ISH pro algoritmus prsu
Algoritmus uPath HER2 Dual ISH je navržen pro práci s analýzou
VENTANA HER2 Dual ISH. Výsledky testu jsou jen tak dobré, jak je
dobrá kvalita a přesnost zobrazovaného sklíčka ISH a následného
analyzovaného obrazu.
Patolog musí validovat barvení pomocí analýzy VENTANA HER2
Dual ISH vyšetřením sklíčka na softwaru uPath enterprise
software. Dále musí pomocí interních kontrol ověřit, že před
analýzou obrazů sklíček byly získány očekávané výsledky.
Použijte doporučení výrobce pro analýzu VENTANA HER2 Dual ISH,
včetně použití všech pozitivních a negativních materiálů pro kontrolu
kvality pro jednotlivé cykly barvení. Pokud nejsou interní kontroly
přijatelné, proveďte barvení tkáně znovu s přijatelnými výsledky.
Patolog musí dodržovat doporučení pro interpretaci analýzy
VENTANA HER2 Dual ISH.
Prostudujte si metodický list k analýze VENTANA HER2 Dual ISH
(P/N1018383EN) a průvodce interpretacemi (P/N1018386EN)
(k dispozici na webových stránkách dialog.roche.com).
Algoritmus uPath HER2 Dual ISH by měl používat pouze
kvalifikovaný patolog ve spojení s histologickým vyšetřením,
příslušnými klinickými informacemi a náležitými kontrolami. Není
určen jako samostatný nástroj a v celém procesu analýzy vyžaduje
zasahování ze strany kompetentní osoby.
Algoritmus uPath HER2 Dual ISH může generovat nesprávná
skóre, pokud mají zachycené obrazy abnormální zbarvení
(necílové zbarvení, přebarvení kontrastním barvivem atd.)
Algoritmus uPath HER2 Dual ISH může odmítnout protáhlá
nádorová jádra, a to bez ohledu na celkový tvar buňky. Z tohoto
důvodu může být nutné vyhodnotit nádory obsahující velké
množství buněk s protáhlými nádorovými jádry ručně.
Algoritmus uPath HER2 Dual ISH byl vyškolen, vyvinut a validován
na vzorcích tkáně invazivního karcinomu.
Algoritmus uPath HER2 Dual ISH nebyl testován ani nebyla
validována jeho bezpečnost a účinnost při použití s osobním
počítačem (PC) z domova.
Algoritmus uPath HER2 Dual ISH může chybně charakterizovat
lymfocyty jako nádorové buňky. Patolog by měl vizuálně pečlivě
zkontrolovat tkáň, a pokud je to možné, vyhnout se oblastem
tkáně, kde imunitní buňky tvoří více než 30% všech buněk.
Algoritmus uPath HER2 Dual ISH je indikován k použití jako
pomůcka při identifikaci pacientů pro léčbu přípravkem Herceptin
na základě amplifikace genu HER2 v souladu se schváleným
označením terapeutického výrobku.
Omeze
6 Průvodce obrazovou analýzou uPath HER2 Dual ISH pro algoritmus prsu
Charakteristiky sítě
Doporučuje se 1Gb/s síťové připojení mezi softwarem uPath enterprise software a systémem pro správu obrazů (Image Management
System, IMS).
Tabulka 1 Specifikace serveru Roche uPath pro obrazovou analýzu pro malé laboratoře.
Parametr Podrobnosti
Procesor CPU @ 3,6 GHz
Počet jader 4
RAM 6× 8GB (48 GB)
Funkce hyper-threading Deaktivována
Pevný disk 240 GB SSD
Operační systém Microsoft Windows Server 2016
Podpora virtuálních strojů (Virtual Machine, VM) Ano
Další informace o VM Výkon se bude lišit od fyzických serverů kvůli času komunikace virtuálních strojů.
Antivirus Symantec Endpoint Protection, verze 12
Napájení 110V / 220V, 800 W (2)
Porty 2 USB, adaptér HPE Eth 10/25 Gb
Nepřerušitelný zdroj energie Doporučeno
Tabulka 2 Specifikace serveru Roche uPath pro obrazovou analýzu pro střední až velké laboratoře.
Parametr Podrobnosti
Procesor CPU @ 3,6 GHz (2 procesory)
Počet jader 8 na procesor / 16 celkem
RAM 12× 8GB (96 GB)
Funkce hyper-threading Deaktivována
Pevný disk 240 GB SSD (2×)
Operační systém Microsoft Windows Server 2016
Podpora virtuálních strojů (Virtual Machine, VM) Ano
Další informace o VM Výkon se bude lišit od fyzických serverů kvůli času komunikace virtuálních strojů.
Antivirus Symantec Endpoint Protection, verze 12
Napájení 110V / 220V, 800 W (2)
Porty 2 USB, adaptér HPE Eth 10/25 Gb
Nepřerušitelný zdroj energie Doporučeno
7 Průvodce obrazovou analýzou uPath HER2 Dual ISH pro algoritmus prsu
Škodlivý software nebo neoprávněný přístup k přístroji mohou mít
za následek ztrátu dat nebo nedostupnost přístroje.
Aby nedošlo k infikování škodlivým softwarem nebo
neoprávněnému přístupu k přístroji a jeho zneužití, jsou nezbytná
následující doporučená opatření:
Do přístroje neinstalujte ani nespouštějte žádný jiný software.
Zajiste, aby ostatní počíte a služby v síti byly řádně
zabezpečeny a chráněny před škodlivým softwarem a
neoprávněným přístupem. Například laboratorní informační
systém (Laboratory Information System, LIS), sdílená složka
archivu, sdílená složka záloh nebo servis.
Zákazníci rovž odpovídají za zabezpečení své místní sítě,
zejména při ochraně před škodlivým softwarem a útoky. Tato
ochrana může zahrnovat opatření, jako je brána firewall, k
oddělení zařízení od neřízených sítí. Tato ochrana může také
zahrnovat opatření, která zajis, že připojená síť neobsahuje
škodlivý kód.
Omezte fyzický přístup k přístroji a veškeré připojené IT
infrastruktuře (počítačům, kabelům, síťovým zařízením atd.).
Zajistěte, aby zálohovací a archivační soubory přístroje byly
chráněny před neoprávněným přístupem a kolapsem. Do tohoto
seznamu patří také umísní vzdáleného úložiště, místa pro
obnovu po kolapsu a zabezpečený přenos záložních souborů.
Pokud je to možné, omezte síťový provoz pomocí brány
firewall.
USB flash disky lze použít pro několik druhů záloh i obnov.
Nesprávné zacházení s USB flash diskem může mít za
následek ztrátu dat nebo poruchu přístroje.
Používejte pouze USB flash disky, které byly vyzkoušeny a
nainstalovány místním servisním zástupcem společnosti Roche.
V jednom okamžiku lze používat pouze jedno USB zízení.
ed vložením USB flash disku zkontrolujte, zda není vloženo
žádné jiné USB zízení.
ed vyjmutím USB flash disku klikněte v sysmu Windows na
tlačítko Eject (Vysunout).
chozí konfigurace operačho sysmu (OS) dodávaná se
serverem by neměla být měněna, protože to má dopad na
zabezpečenou konfiguraci OS.
Aby nedošlo k infikování softwaru uPath enterprise software
počítačovým virem, používejte USB flash disk výhradně na
ístroji. Na tento USB flash disk neukládejte žádná jiná data.
Zabezpečení údajů
8 Průvodce obrazovou analýzou uPath HER2 Dual ISH pro algoritmus prsu
Pracovní postup pro použití algoritmu uPath HER2 Dual ISH
Dodané materiály
Algoritmus uPath HER2 Dual ISH
Potřebné materiály, které nejsou součástí dodávky
Software uPath enterprise software
Sklíčka s prsní tkání obarvená pomocí analýzy VENTANA HER2 Dual ISH (s použitím detekčních souprav VENTANA Silver ISH DNP
a VENTANA Red ISH DIG) na přístroji BenchMark ULTRA
Skener sklíček VENTANA DP 200
Varování a bezpečnostní opatření
1. Pro diagnostické použití in vitro (IVD).
2. Pouze pro profesionální použití.
3. UPOZORNĚNÍ: Podle federálního zákona USA smí být toto zařízení prodáváno pouze na pokyn nebo na objednávku lékaře. (Rx only)
4. Chcete-li ohlásit podezření na závné incidenty související s tímto zařízením, kontaktujte místho zástupce společnosti Roche a
íslušný orgán členského státu nebo země, ve které má uživatel sídlo.
Pracovní postup
1. Vzorek prsní tkáně na podložním sklíčku je obarven analýzou VENTANA HER2 Dual ISH za použití přístroje BenchMark ULTRA.
2. Pořizování obrazu (skenování celého sklíčka) se provádí pomocí skeneru sklíček VENTANA DP 200 při 40násobném ztšení v
jedné rovině z.
3. Po získání digitálních obrazů se tyto obrazy přenesou z počíte připojeného ke skeneru sklíček VENTANA DP 200 do systému
správy obrazů (IMS) na centralizovaném serveru.
4. Po přenosu na server bude v softwaru uPath enterprise software vytvořen případ. Případ může být vytvořen automaticky na
základě komunikace s laboratorním informačním systémem (LIS) pomocí identifikačních údajů (tj. typu tkáně a analýzy), které jsou
uvedeny na štku s čárovým kódem podložního sklíčka nebo zadané ručně do softwaru uPath enterprise software (viz uživatels
íručka k softwaru uPath enterprise software (PN 1018943EN)).
5. Pokud je nainstalován algoritmus uPath HER2 Dual ISH (musí být nainstalován na samostatném serveru mimo software uPath
enterprise software a IMS) a obraz se 40násobným ztšením je získán s příslušným typem barviva a tkáně, pak software uPath
enterprise software automaticky spustí analýzu celého sklíčka (Whole Slide Analysis, WSA).
6. WSA automaticky analyzuje celý naskenovaný obraz.
7. Jakmile je WSA dokončena, software patologa informuje, že „analysis is complete“ (analýza je dokončena).
8. Když patolog otevře obraz, bude moci přepínat tepelnou mapu, která zvýrazní oblasti vhodné pro stanovení skóre na základě
ítomnosti signálů HER2.
9. Jakmile je identifikována vhodná oblast, může patolog pomocí nástroje Quick ROI (Rychlé označení oblasti zájmu) vybrat oblast ROI.
Tento nástroj automaticky vygeneruje čtverec o rozměrech 0,4 mm × 0,4 mm, aby stanovil skóre u 20 reprezentativních nádorových
buněk vybraných algoritmem uPath HER2 Dual ISH na základě: velikosti buňky, počtu signálů HER2 a Chr17 a spolehlivosti segmentace.
Pokud patolog s výběrem buněk nesouhlasí, může buňky odebrat a přidat je výběrem buněk na panelu ROI Details (Podrobnosti oblasti
zájmu) nebo přímo v oblasti ROI. Patolog může také počáteční oblast ROI smazat a nahradit ji novou ROI ve vhodnější oblasti tkáně.
10. Pokud je hodnota poměru HER2/Chr17 mezi 1,8 a 2,2, může patolog použít nástroj Quick ROI (Rychlé označení oblasti zájmu) k
nakreslení druhé oblasti ROI a analyzovat druhou sadu 20 buněk podle metodického listu k analýze VENTANA HER2 Dual ISH.
Pokud je však skóre pro první oblast ROI <1,8 nebo >2,2, nástroj Quick ROI (Rychlé označení oblasti zájmu) bude deaktivován a
stav genu HER2 bude vycházet pouze z první oblasti ROI. Pokud patolog se skóre nesouhlasí, může algoritmus ručně přepsat.
9 Průvodce obrazovou analýzou uPath HER2 Dual ISH pro algoritmus prsu
Barvení
íprava i barvení tkáně by se měly řídit doporeními uvedenými v metodickém listu k analýze VENTANA HER2 Dual ISH.
echny řádné kontroly by měly být zkontrolovány, a pokud barvení nesplňuje pokyny uvedené v metodickém listu k analýze
VENTANA HER2 Dual ISH, sklíčka by měla být znovu obarvena.
Algoritmus uPath HER2 Dual ISH vyžaduje k obarvení tkání před analýzou použití analýzy VENTANA HER2 Dual ISH a veškerých
dalších látek a spotřebního materiálu uvedeného v metodickém listu k analýze VENTANA HER2 Dual ISH.
Analýza VENTANA HER2 Dual ISH určuje stav genu HER2 v prsní tkáni FFPE obarvené detekčními soupravami VENTANA Silver ISH DNP
a VENTANA Red ISH DIG na přístroji BenchMark ULTRA.
Zachycení obrazu
Pro skenování sklíček je vyžadován skener sklíček VENTANA DP 200. Obrazy je nutné skenovat při 40násobném zvětšení. Doporučuje
se, aby tkáň neobsahovala přehyby a barvivo. Pokud jsou velké části obrazu rozostřené, doporučuje se sklíčka naskenovat znovu. Další
informace o skenování najdete v uživatelské příručce ke skeneru sklíček VENTANA DP 200 (PN1017149CS).
Obecná navigace: Software uPath enterprise software
Software uPath enterprise software má být přizpůsobitelný individuálním a místním potřebám, mimo jiné včetně konfigurace zpráv a
uživatelského rozhraní. Tento průvodce algoritmem se zaměřuje na nástroje nezbytné pouze pro použití algoritmu uPath HER2 Dual ISH.
Další informace o softwaru uPath enterprise software naleznete v uživatelské příručce k softwaru uPath enterprise software.
10 Průvodce obrazovou analýzou uPath HER2 Dual ISH pro algoritmus prsu
Pracovní postup pro patologa
Otevření případu
Obrazy prsní tkáně obarvené pomocí analýzy VENTANA HER2 Dual ISH DNA lze otevřít dvojitým kliknutím na případ nebo výběrem
případu a stisknutím záložky Viewer (Prohlížeč) v softwaru uPath enterprise software (obrázek 1).
Zobrazí se obrazovka se všemi obrazy spojenými s daným případem (obrázek 2).
Obrázek 2
Obrázek 1
11 Průvodce obrazovou analýzou uPath HER2 Dual ISH pro algoritmus prsu
Jakmile je sklíčko obarvené analýzou VENTANA HER2 Dual ISH naskenováno na skeneru sklíček VENTANA DP 200 při 40násobném
zvětšení, je obraz importován do softwaru uPath enterprise software a přidružen k případu. Algoritmus uPath HER2 Dual ISH automaticky
spustí WSA. Časy k dokončení předvýpočtového kroku WSA závisejí na specifikacích serveru, velikostech obrazů a počtu obrazů ve frontě.
Zobrazená hláška „waiting to start auto-analysis“ (čekání na spuštění automatické analýzy) znamená, že obrazy jsou ve frontě a ještě budou
analyzovány. Při provádění WSA se zobrazuje „analyzing“ (analyzování) (obrázky 3 a 4). Jakmile je obraz prostřednictvím WSA v softwaru
uPath enterprise software kompletně zanalyzován, zobrazí se pod obrazem sklíčka v prohlížeči v softwaru uPath enterprise software hláška
„analysis successful“ (analýza byla úspěšná) (obrázek 5). U obrazů nelze skóre před úspěšným dokončením WSA stanovit.
Tepelná mapa
Předvýpočtový krok WSA umožňuje, aby algoritmus uPath HER2 Dual ISH vygeneroval tepelnou mapu, dostupnou na panelu Slide
Navigator (Navigátor sklíček) (obrázek 6). Tepelnou mapu lze zapínat a vypínat pomocí tlačítka Hide Heatmap (Skrýt tepelnou mapu) a
Show Heatmap (Zobrazit tepelnou mapu) v pravém dolním rohu panelu Slide Navigator (Navigátor sklíček) (obrázek 6). Tepelná mapa je
určena k identifikaci oblastí se zvýšenými signály HER2, které jsou považovány za ideální pro stanovení skóre podle průvodce interpretací
analýzy VENTANA HER2 Dual ISH assay. Pohybuje se od žluté barvy (nízký poměr HER2/Chr17) po červenou (vysoký poměr HER2/
Chr17). V oblastech (a případech), kde algoritmus nezjistí amplifikaci, se žádné překrytí neobjeví. Navzdory tomu, co ukazuje tepelná
mapa, je nutné, aby patolog obraz zkontroloval jako při manuálním odečítání.
Obrázek 5
Obrázek 3
Obrázek 4
Obrázek 6
POZNÁMKA: V tomto příkladu má velká část vzorku tkáně vysoký poměr HER2/Chr17, jak je znázorněno tmavě
červenými oblastmi v tepelné mapě.
12 Průvodce obrazovou analýzou uPath HER2 Dual ISH pro algoritmus prsu
Překrytí vyhodnotitelných buněk
Překrytí obrysů vyhodnotitelných buněk v červené barvě se objeví, když je obraz při 20násobném zvětšení nebo větším (obrázek 7).
Algoritmus uPath HER2 Dual ISH vybírá vyhodnotitelné buňky na základě následujících kritérií: velikost, přítomnost alespoň jednoho
signálu HER2 a jednoho signálu Chr17 a spolehlivost segmentace (buňka je jasně oddělena od sousedních buněk). Pokud kterékoli
z těchto tří kritérií není splněno, buňka bude považována za nevyhodnotitelnou a žádné překrytí se neobjeví. Překrytí identifikuje
vyhodnotitelné buňky, což uživateli umožňuje určit oblasti s dostatečným počtem vyhodnotitelných nádorových buněk.
Jakmile je obraz zkontrolován a je identifikována oblast zájmu (oblast nádorových buněk a příslušně obarvené buňky interní kontroly),
použijte k zahájení analýzy nástroj Quick ROI (Rychlé označení oblasti zájmu) (obrázek 8).
Obrázek 7
Obrázek 8
13 Průvodce obrazovou analýzou uPath HER2 Dual ISH pro algoritmus prsu
Po výběru nástroje Quick ROI (Rychlé označení oblasti zájmu) dojde k následujícímu:
1. Uprostřed prohlíže se zobrazí se oblast ROI 0,4 mm × 0,4 mm (obrázek 9).
2. Překrytí všech vyhodnotitelných buněk v oblasti ROI zmizí.
3. Objeví se tučně červeně vyznačené překrytí, které označuje 20 reprezentativních nádorových buněk vybraných algoritmem
uPath HER2 Dual ISH v rámci této oblasti ROI (obrázek 9).
4. Počet HER2 a počet Chr17 pro každou buňku se objeví na vysouvacím panelu ROI Details (Podrobnosti oblasti zájmu) (obrázek 10).
5. Budou vypočteny poměr HER2/Chr17, celkové signály HER2 a celkové signály Chr17 a tyto hodnoty se zobrazí na vysouvacím
panelu ROI Details (Podrobnosti oblasti zájmu) (obrázek 10). ROI Details (Podrobnosti oblasti zájmu) lze přepínat stisknutím ikony
pro vysunutí (obrázek 11).
Obrázek 11Obrázek 9 Obrázek 10
14 Průvodce obrazovou analýzou uPath HER2 Dual ISH pro algoritmus prsu
Patologové mohou vybrat kteroukoli z 20 reprezentativních nádorových buněk s červeným překrytím a zobrazit odpovídající počet
signálů HER2 a Chr17 v této buňce, jak je identifikováno algoritmem uPath HER2 Dual ISH.
Buňka bude nyní označena zeleně a odpovídající počet je na vysouvacím panelu ROI Details (Podrobnosti oblasti zájmu) zvýrazněn
modře (obrázek 12). Naopak výběrem jedné z 20 buněk ze seznamu Cell Count (Počet buněk) na vysouvacím panelu ROI Details
(Podrobnosti oblasti zájmu) se příslušná buňka zvýrazní zeleně.
Obrázek 12
15 Průvodce obrazovou analýzou uPath HER2 Dual ISH pro algoritmus prsu
Quick ROI (Rychlé označení oblasti zájmu): smazání
Pokud vybraná oblast ROI není optimální, lze ji smazat. Kliknutím na libovolné místo v oblasti ROI vyberte nástroj Quick ROI (Rychlé
označení oblasti zájmu) a poté klepněte na ikonu Delete (Smazat) na panelu Slide Panel (Panel sklíčka) (obrázek 13) nebo v obraze
sklíčka poblíž oblasti ROI (obrázek 14). Zobrazí se potvrzovací okno. Výběrem možnosti Confirm (Potvrdit) vybranou oblast ROI
smažete. Chcete-li oblast ROI zachovat, vyberte možnost Cancel (Zrušit).
Quick ROI (Rychlé označení oblasti zájmu): výměna buněk
Pokud vybraná buňka (vybrané buňky) identifikovaná algoritmem uPath HER2 Dual ISH nesplňuje pokyny uvedené v metodickém
listu k analýze VENTANA HER2 Dual ISH, vyberte buňku kliknutím na střed buňky nebo výběrem buňky ze seznamu Cell Count (Počet
buněk). Buňku můžete smazat kliknutím na ikonu Delete (Smazat) na vysouvacím panelu ROI Details (Podrobnosti oblasti zájmu)
nad tlačítkem Confirm (Potvrdit) (obrázek 15). Po kliknutí na ikonu Delete (Smazat) bude počet buněk HER2 a Chr17 ze seznamu
buněk odstraněn a odpovídající zvýrazněná buňka bude odstraněna z oblasti ROI (řádek 8 na obrázku 16). Nyní se aktivuje ikona Add
(Přidat) (obrázek 16). Klikněte na tlačítko Add (Přidat) a přejeďte okolo nové buňky, u které má být stanoveno skóre.
Obrázek 14
Obrázek 13
Obrázek 15
Obrázek 16
16 Průvodce obrazovou analýzou uPath HER2 Dual ISH pro algoritmus prsu
  • Page 1 1
  • Page 2 2
  • Page 3 3
  • Page 4 4
  • Page 5 5
  • Page 6 6
  • Page 7 7
  • Page 8 8
  • Page 9 9
  • Page 10 10
  • Page 11 11
  • Page 12 12
  • Page 13 13
  • Page 14 14
  • Page 15 15
  • Page 16 16
  • Page 17 17
  • Page 18 18
  • Page 19 19
  • Page 20 20
  • Page 21 21
  • Page 22 22
  • Page 23 23
  • Page 24 24
  • Page 25 25
  • Page 26 26
  • Page 27 27
  • Page 28 28
  • Page 29 29
  • Page 30 30
  • Page 31 31
  • Page 32 32
  • Page 33 33
  • Page 34 34
  • Page 35 35
  • Page 36 36
  • Page 37 37
  • Page 38 38
  • Page 39 39
  • Page 40 40
  • Page 41 41
  • Page 42 42
  • Page 43 43
  • Page 44 44

Roche uPath IVD Používateľská príručka

Typ
Používateľská príručka